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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001094

染色体: Chr03 坐标: 12638388-12639366 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001094
名称SmilChr03G001094
描述uncharacterized SmilChr03G001094
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向12638388 - 12639366 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018347
GeneID131018347
locus_tag-
NCBI NameLOC131018347
原始查询LOC131018347

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
产物hit=Os08g0315200; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs08g0315200
-
identity=34.2; qcov=0.585; evalue=5.88e-15; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018347

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057803058.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057803058.1
3 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057803058.1
4 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057803058.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803058.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:12638403 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B103,C85
Chr3:12638403 TC T 1bp_deletion CDS_variant 2 B103,C85
Chr3:12638405 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 15 B103,B124,B125,B132,B137,B16,B17,B39,B65,B77,B87,C18,C29,C37,C63
Chr3:12638409 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr3:12638411 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 C2
Chr3:12638411 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 C2
Chr3:12638439 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,B103,B108
Chr3:12638445 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr3:12638465 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,B136
Chr3:12638480 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B30
Chr3:12638485 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr3:12638529 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947075.1
ATGGGGCTGAACGGTGGTGGGTGGCTTGGGGCGACGGTGGCTGGAGCTTGGGCACCGGTGGTGTCGTGGGGAAGGTGGGCTGGAGCTTCCAAACTTTGTGCAAAAAAAAGTAGAAAGAGGATTGAAATTAGGGCTAAGGAAAAAATTTGTGAAGATGCCGGTCATTGGTGGAGGTCATATAAGAATGGAATGACTGAGGCTCAACGTCAAGGACTTACTTGGAATAGGTTCAAGGAGGTTGTAATGGACAAGTATTTTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018347
ATGGGGCTGAACGGTGGTGGGTGGCTTGGGGCGACGGTGGCTGGAGCTTGGGCACCGGTGGTGTCGTGGGGAAGGTGGGCTGGAGCTTCCAAACTTTGTGCAAAAAAAAGTAGAAAGAGGATTGAAATTAGGGCTAAGGAAAAAATTTGTGAAGATGCCGGTCATTGGTGGAGGTCATATAAGAATGGAATGACTGAGGCTCAACGTCAAGGACTTACTTGGAATAGGTTCAAGGAGGTTGTAATGGACAAGTATTTTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803058.1
MGLNGGGWLGATVAGAWAPVVSWGRWAGASKLCAKKSRKRIEIRAKEKICEDAGHWWRSYKNGMTEAQRQGLTWNRFKEVVMDKYFPRSYRNQKQAEFLDLKQGTMSVTEYERKFNLLARYATRMVNTEDLKADRFLRGLRPEIRGILAGQKIVDYGLAVRRAHEVATGLEADVVPFKVGDNCGKRKFDISNKGKGKLSK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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