Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001130`

染色体: Chr03 坐标: 13055631-13056833 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001130`
名称	SmilChr03G001130
描述	probable disease resistance RPP8-like protein 2
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	13055631 - 13056833 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018362`
GeneID	`131018362`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018362`
原始查询	`LOC131018362`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable disease resistance RPP8-like protein 2
产物	probable disease resistance RPP8-like protein 2
Arabidopsis	`AT1G53350` (AT1G53350) Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841771] identity=29.4; qcov=1.04; evalue=7.89e-33; confidence=low
Rice	`Os11g0229300` - identity=27.8; qcov=1.04; evalue=4.02e-37; confidence=low
GO	GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018362

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057803075.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057803075.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057803075.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803075.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803075.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:13055637`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,B41,C10,C74
`Chr3:13055642`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A4,B64,C24,C42
`Chr3:13055651`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A8,B121,B30,C48
`Chr3:13055695`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B125,B4
`Chr3:13055699`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B133,C14
`Chr3:13055715`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,B41,C10,C74
`Chr3:13055732`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B131,B44
`Chr3:13055807`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B106,C36
`Chr3:13055857`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	4	B119,B125,B27,B97
`Chr3:13055857`	`A`	`AC`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B119,B125,B27,B97
`Chr3:13055860`	`G`	`GC`	1bp_insertion	frameshift_variant	172	A1,A10,A11,A15,A16,A20,A21,A22,A23,A25,A3,A4,A7,A8,B1,B10,B101,B102,B103,B104,B105,B106,B107,B109,B11,B112,B113,B114,B117,B118,B120,B122,B123,B124,B126,B127,B128,B129,B13,B131,B134,B135,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B19,B2,B24,B25,B26,B28,B3,B30,B34,B35,B39,B4,B40,B41,B45,B46,B47,B48,B49,B50,B54,B56,B57,B58,B6,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B66,B67,B7,B70,B71,B73,B74,B75,B76,B79,B8,B81,B82,B83,B84,B85,B86,B89,B9,B90,B91,B93,B94,B96,B97,B98,C1,C10,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C21,C22,C23,C24,C25,C27,C29,C31,C32,C33,C34,C35,C36,C37,C38,C4,C41,C42,C44,C46,C48,C5,C50,C51,C53,C55,C57,C58,C59,C60,C61,C62,C64,C66,C67,C69,C7,C71,C72,C74,C75,C77,C78,C79,C8,C81,C82,C83,C85,C9,D1,D5,D6,D7,D8,D9
`Chr3:13055866`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B106,B61,C36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803075.1

400 aa

200

400

WHD_DRP

LRR_14

PF23559 WHD_DRP 3-63 aa PF23598 LRR_14 106-387 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803075.1`	Pfam	`PF23559`	WHD_DRP	Domain	3	63	2.1e-18	66.8	Disease resistance protein Winged helix domain
`XP_057803075.1`	Pfam	`PF23598`	LRR_14	Repeat	106	387	3.6e-31	108.9	Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947092.1
ATGGCCCGGAAGCTCGTAGACGTGTGGATTTCGGAAGGGTTCATCCCCGAAGAAGCAGGGAAAACAATGGAGGAGACGGCCATGGCTTATCTGGATGAGCTGATTGATCGAAACATGGTTCAAATCAAGGACATATCCTTCGACGATCGTGTTAAAAACTGCATCATGCACGATCTCGTCCGAGACCTATCCACCAGAAAAGCAGAGGAGGAGATCCTGCACGAAGATGGAGAATCTTCGCACAAGCCCCGCCATCGCGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018362
ATGGCCCGGAAGCTCGTAGACGTGTGGATTTCGGAAGGGTTCATCCCCGAAGAAGCAGGGAAAACAATGGAGGAGACGGCCATGGCTTATCTGGATGAGCTGATTGATCGAAACATGGTTCAAATCAAGGACATATCCTTCGACGATCGTGTTAAAAACTGCATCATGCACGATCTCGTCCGAGACCTATCCACCAGAAAAGCAGAGGAGGAGATCCTGCACGAAGATGGAGAATCTTCGCACAAGCCCCGCCATCGCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803075.1
MARKLVDVWISEGFIPEEAGKTMEETAMAYLDELIDRNMVQIKDISFDDRVKNCIMHDLVRDLSTRKAEEEILHEDGESSHKPRHRVLDCREGRFNDSIYGNKEARSLVVRRGAQPYLFTPSFSSYWMSFQLLKLLDFECCMAMTQLPVSIGALMGLKYLNLRNTGMKHIPNWLPRLINLEVLDIRGLVCIELSDILVKMIRLRRLYASAFYFEKPPEITSLKFLETLSYVNFEDSNIHKVTHITSLSELGVNVLRISDS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器