Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001146`

染色体: Chr03 坐标: 13208625-13211444 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001146`
名称	SmilChr03G001146
描述	uncharacterized SmilChr03G001146
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	13208625 - 13211444 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018370`
GeneID	`131018370`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018370`
原始查询	`LOC131018370`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`ATMG00860` - identity=30.7; qcov=0.146; evalue=8.25e-17; confidence=weak
Rice	`Os12g0142900` - identity=32.1; qcov=0.289; evalue=1.69e-44; confidence=weak
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity); GO:0015074 (DNA integration)
KEGG	-
Pfam	PF00075 (RNase_H); PF00078 (RVT_1); PF00665 (rve); PF13456 (RVT_3); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2); PF17921 (Integrase_H2C2); PF31073 (DUF8803)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018370

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057803083.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057803083.1`
3	Peroxisome	过氧化物酶体	0.20000	`XP_057803083.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057803083.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803083.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:13208684`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C53
`Chr3:13208690`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr3:13208704`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr3:13208715`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B65,C20,C28,C6,D2
`Chr3:13208726`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C42
`Chr3:13208727`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B131,B86,D10
`Chr3:13208737`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B104,B131,B51,B86,D10
`Chr3:13208742`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B39,B4
`Chr3:13208742`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B39,B4
`Chr3:13208753`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr3:13208770`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr3:13208790`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B110,B6,B91,C22,C43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803083.1

939 aa

470

939

RVT_1

RT_RNaseH_2

RT_RNaseH

RNase_H

RVT_3

Integrase_H2C2

rve

DUF8803

PF00078 RVT_1 1-115 aa PF17919 RT_RNaseH_2 178-275 aa PF17917 RT_RNaseH 206-307 aa PF00075 RNase_H 356-478 aa PF13456 RVT_3 360-478 aa PF17921 Integrase_H2C2 582-632 aa PF00665 rve 652-747 aa PF31073 DUF8803 874-938 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803083.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	1	115	2.6e-26	93.5	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057803083.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	178	275	3.3e-23	82.3	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057803083.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	206	307	1.3e-24	87.1	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057803083.1`	Pfam	`PF00075`	RNase_H	Domain	356	478	1.6e-08	35.6	RNase H
`XP_057803083.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	360	478	4.7e-19	69.2	Reverse transcriptase-like
`XP_057803083.1`	Pfam	`PF17921`	Integrase_H2C2	Domain	582	632	1.1e-08	35.7	Integrase zinc binding domain
`XP_057803083.1`	Pfam	`PF00665`	rve	Domain	652	747	1.2e-11	45.5	Integrase core domain
`XP_057803083.1`	Pfam	`PF31073`	DUF8803	Domain	874	938	1.7e-13	50.9	Domain of unknown function (DUF8803)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947100.1
ATGGATGGATCATCAGGCTATAATCAAATTTGCAGGTCGCCAGAAGATGAAGAATTAACGGCGTTCCGCACTCCCAAAGGAATTTATTGCTACAAAGTTATGCCGTTTGGACTGAAAAATGCCGGAGCCACATACCAAAGAGCCATGCAGAAGATCTTTGATGATATCCTCCACAAAAATATTGAGTGCTATGTGGATGAAGTGGTAGTAAAGTCTAGAAGACGAAGCGACCATCTGCAGGATCTGAGAATGGTCTTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018370
ATGGATGGATCATCAGGCTATAATCAAATTTGCAGGTCGCCAGAAGATGAAGAATTAACGGCGTTCCGCACTCCCAAAGGAATTTATTGCTACAAAGTTATGCCGTTTGGACTGAAAAATGCCGGAGCCACATACCAAAGAGCCATGCAGAAGATCTTTGATGATATCCTCCACAAAAATATTGAGTGCTATGTGGATGAAGTGGTAGTAAAGTCTAGAAGACGAAGCGACCATCTGCAGGATCTGAGAATGGTCTTTGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803083.1
MDGSSGYNQICRSPEDEELTAFRTPKGIYCYKVMPFGLKNAGATYQRAMQKIFDDILHKNIECYVDEVVVKSRRRSDHLQDLRMVFERLRKYQLKMNPLKCAFGVKSGKFLGFIVRHQGIEIEQAKIDAILKMPEPRNIHDLKSLQGKLAYLRRFISNLAGRCQPFSRIMKKGIPFEWNESCSTAFNSIKAYLMKPPVLAAPVAGRPLILYIAAQERSMGALLAQDNESGKENALYYLSRTMTPNELNYSPIEKLCLALI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器