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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001153`

染色体: Chr03 坐标: 13308143-13312276 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001153`
名称	SmilChr03G001153
描述	uncharacterized SmilChr03G001153
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	13308143 - 13312276 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018376`
GeneID	`131018376`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018376`
原始查询	`LOC131018376`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G24255` (AT3G24255) RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822013] identity=28.2; qcov=0.32; evalue=7.37e-41; confidence=low
Rice	`Os06g0484800` - identity=27.3; qcov=0.617; evalue=3.59e-98; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018376

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057803087.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057803087.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057803087.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803087.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803087.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:13308293`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C40
`Chr3:13308324`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B127
`Chr3:13308348`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A6,B18,C59,C7
`Chr3:13308354`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B106,B73,C75
`Chr3:13308407`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr3:13308430`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B24,B38
`Chr3:13308442`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C8
`Chr3:13308456`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A5,A9,C45
`Chr3:13308461`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B24,C33
`Chr3:13308487`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr3:13308488`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B137,C53
`Chr3:13308536`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803087.1

1377 aa

688

1377

RVT_1

zf-RVT

RVT_3

PF00078 RVT_1 499-758 aa PF13966 zf-RVT 1015-1096 aa PF13456 RVT_3 1226-1345 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803087.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	499	758	7.6e-30	105.0	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057803087.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	1015	1096	9.5e-15	55.7	zinc-binding in reverse transcriptase
`XP_057803087.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	1226	1345	1.2e-17	64.7	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947104.1
ATGAATCTTCTCGTTTGGAATGTCCGAGGACTTACGGACGAGTCTAAACGACTTCTCAAGGAGCATTGTCGTTCCTTTTCTCCATTGATTTTGGGCATCATTGAGCCCAAATCAAAGTTTCGCAAAATTCAGATGAGTTTCTGGCAATCTCTGAATCTCACGCCTCGCCACCAGAATTGTAGATTGCCGCGGCGATCTAACATTTGGTTTTTGGCCCAGCCTGCTGTTGCCACTACCATTCTATTCTCTTCAGATCAGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018376
ATGAATCTTCTCGTTTGGAATGTCCGAGGACTTACGGACGAGTCTAAACGACTTCTCAAGGAGCATTGTCGTTCCTTTTCTCCATTGATTTTGGGCATCATTGAGCCCAAATCAAAGTTTCGCAAAATTCAGATGAGTTTCTGGCAATCTCTGAATCTCACGCCTCGCCACCAGAATTGTAGATTGCCGCGGCGATCTAACATTTGGTTTTTGGCCCAGCCTGCTGTTGCCACTACCATTCTATTCTCTTCAGATCAGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803087.1
MNLLVWNVRGLTDESKRLLKEHCRSFSPLILGIIEPKSKFRKIQMSFWQSLNLTPRHQNCRLPRRSNIWFLAQPAVATTILFSSDQVVVSNCTWQNLCFRVAVIHGANDAVLRRNLWADLLNYIDGNTVFIGDFNAVKGAHERLSTVLPSRSSCADFCRFIDDTGFLEPSSSGLQFSWSGRRFLPNHVETLLDRALISSSFDNIWDFVNSHVLPRLTSDHSAIVLQCKSRFAPGKRPFRFQHLWMDHAGFLDLVRDSWDA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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