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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001195

染色体: Chr03 坐标: 13773730-13774194 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001195
名称SmilChr03G001195
描述uncharacterized SmilChr03G001195
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向13773730 - 13774194 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018397
GeneID131018397
locus_tag-
NCBI NameLOC131018397
原始查询LOC131018397

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF31073 (DUF8803)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018397

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803106.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057803106.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803106.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803106.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803106.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:13773742 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,A9,B130,C55
Chr3:13773743 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B42
Chr3:13773768 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B38,B39,B86,D7
Chr3:13773780 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,B33
Chr3:13773800 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B6
Chr3:13773813 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 7 A7,B109,B67,B69,C14,C57,C70
Chr3:13773820 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B132,B139,B45,C5,C58
Chr3:13773839 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B106,B38,B55
Chr3:13773852 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B134,B42,B43,C2,C56
Chr3:13773853 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B112,D1
Chr3:13773861 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B127
Chr3:13773861 CG C 1bp_deletion CDS_variant 1 B127

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803106.1
154 aa
N
1
77
154
DUF8803
C
PF31073 DUF8803 88-134 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803106.1 Pfam PF31073 DUF8803 Domain 88 134 4.4e-08 33.6 Domain of unknown function (DUF8803)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947123.1
ATGGTGTATGGCAAGAGGTGTCATTTACCGGTGGAATTGGAGCACAAGGCGTTCTGGGCAGTGAACAAAGTAAACTATGATTGGGACAAAGCAGGGCAAGCAAGGAAGTTAGAGATTCAAGAGCTCGAAGAAATCAGGAGGGAGGCATATGACAATGCTGTACTCTACAAGGAAAGAATGAAAAAGAGCCATGATGCCTTGATCACAAGCAAGAAATTCAGCTATGGGCAAGAGGTCCTCCTGTACCAGACACGGTTCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018397
ATGGTGTATGGCAAGAGGTGTCATTTACCGGTGGAATTGGAGCACAAGGCGTTCTGGGCAGTGAACAAAGTAAACTATGATTGGGACAAAGCAGGGCAAGCAAGGAAGTTAGAGATTCAAGAGCTCGAAGAAATCAGGAGGGAGGCATATGACAATGCTGTACTCTACAAGGAAAGAATGAAAAAGAGCCATGATGCCTTGATCACAAGCAAGAAATTCAGCTATGGGCAAGAGGTCCTCCTGTACCAGACACGGTTCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803106.1
MVYGKRCHLPVELEHKAFWAVNKVNYDWDKAGQARKLEIQELEEIRREAYDNAVLYKERMKKSHDALITSKKFSYGQEVLLYQTRFKFTKGKLSTKWTGPFMVKTQFPNGAVEIENPKSGKVFKVNGQRLKAYYGHKPDAGEEVDLNPATSTSD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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