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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001196

染色体: Chr03 坐标: 13777504-13780906 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001196
名称SmilChr03G001196
描述uncharacterized SmilChr03G001196
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向13777504 - 13780906 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018398
GeneID131018398
locus_tag-
NCBI NameLOC131018398
原始查询LOC131018398

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018398

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057803107.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057803107.1
3 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.40000 XP_057803107.1
4 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057803107.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803107.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:13777563 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B41
Chr3:13777563 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr3:13777592 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B133
Chr3:13777637 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr3:13777659 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B98,C83
Chr3:13777677 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C76
Chr3:13777680 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 A8,C56
Chr3:13777680 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,C56
Chr3:13777689 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C38,C40
Chr3:13777703 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr3:13777711 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B43,C67
Chr3:13777715 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947124.1
ATGATTCATCTGGAAGCCAGAGTGGAGACAATTCCTCTGGAAGCCAGCGGGGAATCGATTCCTCTGGAAGCCAGAGCGGAGACAATTCCTCTGGAAGCCAGCGGGGAAGCGATTCATCTGGATGCCAGAGCGGAGACGATTCCTCTGAGTGCAGGTAACGAAGATCTTTTGTTCCACGAGGATATCGAAAGAATTGCTCGAGAGAACAACGCTGCTAGACGCAGGGCAGAACAAAAGGCACAAGCCAGAGAGAGACAGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018398
ATGATTCATCTGGAAGCCAGAGTGGAGACAATTCCTCTGGAAGCCAGCGGGGAATCGATTCCTCTGGAAGCCAGAGCGGAGACAATTCCTCTGGAAGCCAGCGGGGAAGCGATTCATCTGGATGCCAGAGCGGAGACGATTCCTCTGAGTGCAGGTAACGAAGATCTTTTGTTCCACGAGGATATCGAAAGAATTGCTCGAGAGAACAACGCTGCTAGACGCAGGGCAGAACAAAAGGCACAAGCCAGAGAGAGACAGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803107.1
MIHLEARVETIPLEASGESIPLEARAETIPLEASGEAIHLDARAETIPLSAGNEDLLFHEDIERIARENNAARRRAEQKAQARERQLEAERQRAAEREMAENPEGQNDNANKTLRDMMFPSNLNLRPSAIVLPEITGNWELKHTLIQILPKHSDMPGEDPQRHLQDFEMACGTVRTASQALGEYIRLLTFPFSLLEGAREWLYDLPEGSIRTWQKLQSKFLERYFPAARIHNLRTRISNIKMGSAEVLYEYWGRFKQMLA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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