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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001226`

染色体: Chr03 坐标: 14148920-14152203 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001226`
名称	SmilChr03G001226
描述	uncharacterized SmilChr03G001226
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	14148920 - 14152203 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018411`
GeneID	`131018411`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018411`
原始查询	`LOC131018411`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G01410` (AT3G01410) Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821319] identity=40.5; qcov=0.071; evalue=6.65e-08; confidence=weak
Rice	`Os08g0202300` - identity=28.9; qcov=0.368; evalue=1.81e-51; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity); GO:0015074 (DNA integration)
KEGG	-
Pfam	PF00075 (RNase_H); PF00078 (RVT_1); PF00665 (rve); PF13456 (RVT_3); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2); PF17921 (Integrase_H2C2); PF31073 (DUF8803)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018411

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057803119.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057803119.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057803119.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803119.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803119.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:14148932`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B5,C35
`Chr3:14148934`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A10,B48,D5
`Chr3:14148959`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B17,C77
`Chr3:14148974`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	C53
`Chr3:14148974`	`C`	`CA`	1bp_insertion	CDS_variant	1	C53
`Chr3:14148983`	`G`	`GGT`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	C53
`Chr3:14148983`	`G`	`GGT`	2bp_insertion	CDS_variant	1	C53
`Chr3:14148993`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C15,C29
`Chr3:14149000`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B114,C28
`Chr3:14149016`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B140,C42,C47,C60,D11
`Chr3:14149025`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A6,B24,B52,C45
`Chr3:14149034`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B127,B37,B62,C36

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803119.1

1044 aa

522

1044

RVT_1

RT_RNaseH_2

RT_RNaseH

RNase_H

RVT_3

Integrase_H2C2

rve

DUF8803

PF00078 RVT_1 125-284 aa PF17919 RT_RNaseH_2 318-416 aa PF17917 RT_RNaseH 346-445 aa PF00075 RNase_H 493-575 aa PF13456 RVT_3 497-603 aa PF17921 Integrase_H2C2 685-741 aa PF00665 rve 760-856 aa PF31073 DUF8803 979-1042 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803119.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	125	284	1.6e-34	120.2	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057803119.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	318	416	1.2e-24	87.0	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057803119.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	346	445	1e-20	74.5	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057803119.1`	Pfam	`PF00075`	RNase_H	Domain	493	575	3.6e-08	34.4	RNase H
`XP_057803119.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	497	603	1.4e-14	54.7	Reverse transcriptase-like
`XP_057803119.1`	Pfam	`PF17921`	Integrase_H2C2	Domain	685	741	5.1e-09	36.9	Integrase zinc binding domain
`XP_057803119.1`	Pfam	`PF00665`	rve	Domain	760	856	6.5e-18	65.6	Integrase core domain
`XP_057803119.1`	Pfam	`PF31073`	DUF8803	Domain	979	1042	1.2e-25	89.8	Domain of unknown function (DUF8803)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947136.1
ATGAAGAGACCACGCAGCCTGATAGAGGAGGAGATGGTGGAGATAGATGAAGTCCAAATTAATGCGAGCTTTCCAGACCACAGAGTCCGGATTGGAGCACAACTCGAACCAGAGCTCAGAGAGAAGCTTATCAACTTCCTATCTGATTATTACGATTGTTTCGCTTGGTCCCATGAGGACATGACGGGGATTGACCCTAAAATTATTGTTCACAGGTTGCAGGTCGCCCCGGAATACCCGCCGAGAAAACAGAAACGGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018411
ATGAAGAGACCACGCAGCCTGATAGAGGAGGAGATGGTGGAGATAGATGAAGTCCAAATTAATGCGAGCTTTCCAGACCACAGAGTCCGGATTGGAGCACAACTCGAACCAGAGCTCAGAGAGAAGCTTATCAACTTCCTATCTGATTATTACGATTGTTTCGCTTGGTCCCATGAGGACATGACGGGGATTGACCCTAAAATTATTGTTCACAGGTTGCAGGTCGCCCCGGAATACCCGCCGAGAAAACAGAAACGGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803119.1
MKRPRSLIEEEMVEIDEVQINASFPDHRVRIGAQLEPELREKLINFLSDYYDCFAWSHEDMTGIDPKIIVHRLQVAPEYPPRKQKRRKFAPERNQVVNDEFTKLLKNGLIREVHYPEWLANVVVVKKKNNKWRVCIDFTDLNKACPKDSFPLPHIDMLVDATAGHELMSFMDAYSGYHQIRMHPDDEEKTTFMTNIALYCYKYMPFGLKNAGATYQRLVNQMFASLLRQTMEVYIDDMLVKSIHAKDHIDHLRETFEILR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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