Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001234`

染色体: Chr03 坐标: 14249971-14250798 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001234`
名称	SmilChr03G001234
描述	F-box/kelch-repeat protein At3g23880-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	14249971 - 14250798 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018415`
GeneID	`131018415`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018415`
原始查询	`LOC131018415`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	F-box/kelch-repeat protein At3g23880-like
产物	F-box/kelch-repeat protein At3g23880-like
Arabidopsis	`AT3G23880` (AT3G23880) F-box and associated interaction domains-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821971] identity=31.8; qcov=0.72; evalue=1.46e-14; confidence=low
Rice	`Os09g0447600` - identity=30.8; qcov=0.615; evalue=1.56e-11; confidence=low
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00646 (F-box); PF12937 (F-box-like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018415

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057803122.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057803122.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057803122.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803122.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803122.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:14250266`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B34
`Chr3:14250306`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C21
`Chr3:14250316`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A23,A6,B114
`Chr3:14250427`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B125,B27,C4
`Chr3:14250429`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B16,B74
`Chr3:14250476`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C52,C74
`Chr3:14250501`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A4,B118,B71,B92,C15
`Chr3:14250507`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B30,C69,C75,C84
`Chr3:14250510`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B62,C34,C77
`Chr3:14250521`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C32
`Chr3:14250521`	`GAA`	`G`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C32
`Chr3:14250530`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B44,B87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803122.1

275 aa

138

275

F-box-like

F-box

PF12937 F-box-like 15-51 aa PF00646 F-box 16-53 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803122.1`	Pfam	`PF12937`	F-box-like	Domain	15	51	2.6e-08	34.2	F-box-like
`XP_057803122.1`	Pfam	`PF00646`	F-box	Domain	16	53	4.1e-11	43.0	F-box domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947139.1
ATGGATCGGGAAAACGCTCCTCCTCCGAGCAGGAAACTCCGCTATCTTCCCGAAGAAATAATCGAAGAAATACTGTCAAGACTTGCGGTGAAATCACTGCTGAGATTCAGGTGCGTTTCGAAATCATGGCGTTGTTTAATGAGTAGCGAGAGATTCATCAGAACCCAACTCGAGAAATCAAGCAATGACCCAACTGCCGCCCATTGGCAAGTTCTGTTCAACTGTGGCTGTGGTTCAAAATTTTCAACATCTGGATTGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018415
ATGGATCGGGAAAACGCTCCTCCTCCGAGCAGGAAACTCCGCTATCTTCCCGAAGAAATAATCGAAGAAATACTGTCAAGACTTGCGGTGAAATCACTGCTGAGATTCAGGTGCGTTTCGAAATCATGGCGTTGTTTAATGAGTAGCGAGAGATTCATCAGAACCCAACTCGAGAAATCAAGCAATGACCCAACTGCCGCCCATTGGCAAGTTCTGTTCAACTGTGGCTGTGGTTCAAAATTTTCAACATCTGGATTGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803122.1
MDRENAPPPSRKLRYLPEEIIEEILSRLAVKSLLRFRCVSKSWRCLMSSERFIRTQLEKSSNDPTAAHWQVLFNCGCGSKFSTSGLQQCSVRSFLDDPDVDPSPIDDPTNHHLTTGGYLVGNCDGLLCILKKPGSFFLWNLATRISMELPKIDLKIAKSGFGHDDESGAYKVFVVGSTYAEEKREWIGKHYSSKTNSWKTVKLGGHAVGVGAEYISPNKWFRDMVRTARRVKENTGYEPAFMTRANVNKRMKKFLELKNN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器