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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001240`

染色体: Chr03 坐标: 14289302-14294842 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001240`
名称	SmilChr03G001240
描述	uncharacterized SmilChr03G001240
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	14289302 - 14294842 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018417`
GeneID	`131018417`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018417`
原始查询	`LOC131018417`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT4G29090` (AT4G29090) Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030] identity=25.8; qcov=0.319; evalue=3.38e-43; confidence=low
Rice	`Os06g0484800` - identity=28.7; qcov=0.474; evalue=3.25e-104; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF03372 (Exo_endo_phos); PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT); PF14111 (DUF4283); PF14392 (zf-CCHC_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018417

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057803124.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057803124.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057803124.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803124.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803124.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:14289319`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C50,D10,D11
`Chr3:14289341`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	46	A18,A3,A5,A9,B10,B110,B122,B124,B133,B16,B18,B20,B24,B28,B3,B31,B32,B4,B51,B56,B58,B75,B91,B93,B96,C10,C13,C15,C19,C2,C24,C25,C29,C31,C36,C43,C46,C5,C57,C63,C67,C68,C7,C78,C81,D3
`Chr3:14289346`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C50,C62,D10
`Chr3:14289362`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A22
`Chr3:14289383`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:14289391`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C14
`Chr3:14289423`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr3:14289427`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B130,C33
`Chr3:14289429`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	196	A1,A10,A11,A14,A15,A16,A18,A19,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A3,A6,A7,A8,A9,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B107,B108,B109,B11,B110,B111,B113,B115,B117,B118,B119,B12,B120,B121,B122,B124,B125,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B137,B138,B139,B14,B140,B15,B16,B17,B18,B2,B20,B22,B23,B24,B27,B28,B29,B3,B30,B31,B32,B33,B35,B36,B38,B39,B4,B41,B44,B45,B46,B47,B49,B5,B50,B51,B52,B55,B56,B57,B58,B6,B61,B64,B65,B66,B68,B69,B7,B70,B72,B73,B74,B75,B77,B79,B8,B80,B81,B83,B84,B85,B87,B88,B91,B93,B95,B96,B98,B99,C10,C12,C13,C14,C15,C16,C17,C19,C2,C21,C22,C24,C25,C26,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C35,C36,C37,C38,C39,C4,C40,C41,C43,C44,C45,C46,C47,C48,C49,C5,C50,C51,C52,C53,C54,C56,C57,C58,C59,C60,C61,C64,C65,C66,C68,C70,C71,C72,C74,C75,C78,C79,C8,C80,C81,C83,C84,C85,C86,C87,C9,D1,D10,D11,D3,D4,D5,D7,D8,D9
`Chr3:14289452`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C62
`Chr3:14289452`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C62
`Chr3:14289471`	`TAA`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	62	A16,A18,A19,A20,A21,A6,B102,B104,B105,B12,B120,B129,B135,B19,B2,B23,B28,B30,B32,B45,B5,B55,B57,B76,B78,B79,B80,B81,B82,B83,B89,B99,C1,C15,C18,C20,C3,C33,C34,C37,C38,C40,C50,C51,C52,C53,C59,C63,C64,C66,C67,C71,C73,C83,C87,C9,D10,D11,D2,D4,D5,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803124.1

1810 aa

905

1810

DUF4283

zf-CCHC_4

Exo_endo_phos

RVT_1

zf-RVT

RVT_3

PF14111 DUF4283 39-108 aa PF14392 zf-CCHC_4 180-223 aa PF03372 Exo_endo_phos 489-707 aa PF00078 RVT_1 986-1222 aa PF13966 zf-RVT 1485-1557 aa PF13456 RVT_3 1664-1785 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803124.1`	Pfam	`PF14111`	DUF4283	Domain	39	108	4.1e-07	30.3	Domain of unknown function (DUF4283)
`XP_057803124.1`	Pfam	`PF14392`	zf-CCHC_4	Domain	180	223	2.8e-08	34.0	Zinc knuckle
`XP_057803124.1`	Pfam	`PF03372`	Exo_endo_phos	Domain	489	707	1.8e-10	41.6	Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family
`XP_057803124.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	986	1222	4.5e-30	105.7	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057803124.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	1485	1557	4.4e-17	63.2	zinc-binding in reverse transcriptase
`XP_057803124.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	1664	1785	5.3e-16	59.4	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947141.1
ATGGATCCCGATGAGATCCAGAAGTTAGTGGACCAACTTCGACTCACGGAGGAGGTGGAGGAGACCACTGTTACCTTCTCACCAGAACTGACGGAAACCCTAACTACTGCAATAAAGTTTCGGCTGGTGGGGAAAGTCTTCGCGGGGAAACAGATTAATAGAGAACTACTAATCCAACATTTACCCAACATTCTTCTTTCAAAGAATCGCATTGATGTGGAAATTGTGGGCCCCAACGTTTTTGTCATTAACTTCCACTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018417
ATGGATCCCGATGAGATCCAGAAGTTAGTGGACCAACTTCGACTCACGGAGGAGGTGGAGGAGACCACTGTTACCTTCTCACCAGAACTGACGGAAACCCTAACTACTGCAATAAAGTTTCGGCTGGTGGGGAAAGTCTTCGCGGGGAAACAGATTAATAGAGAACTACTAATCCAACATTTACCCAACATTCTTCTTTCAAAGAATCGCATTGATGTGGAAATTGTGGGCCCCAACGTTTTTGTCATTAACTTCCACTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803124.1
MDPDEIQKLVDQLRLTEEVEETTVTFSPELTETLTTAIKFRLVGKVFAGKQINRELLIQHLPNILLSKNRIDVEIVGPNVFVINFHSLDDKRQALFGGPWHFFQDLLLFSEIEGFQNPSEAKFERFSGWVQCHNLPVACMHPDAIRKIGEGIGRVEEVDLNAGLCLGRFARVRVSWPLDKPLQRCVRIAPNGTQHETLILLLYEKLPNFCFNCGRIGHVFRFCGEPKCQDGKFKYGTWLLAPKANEGRRGNNFGERKNYR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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