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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G001478`

染色体: Chr01 坐标: 28560710-28564250 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G001478`
名称	SmilChr01G001478
描述	aminotransferase ALD1, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	28560710 - 28564250 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018425`
GeneID	`131018425`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018425`
原始查询	`LOC131018425`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	aminotransferase ALD1, chloroplastic-like
产物	aminotransferase ALD1%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT2G13810` (ALD1) AGD2-like defense response protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815864] identity=68.1; qcov=0.92; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0299900` (OsAGD2) - identity=67.1; qcov=0.927; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0009507 (chloroplast); GO:0009862 (systemic acquired resistance, salicylic acid mediated signaling pathway); GO:0030170 (pyridoxal phosphate binding); GO:0062034 (L-pipecolic acid biosynthetic process); GO:0062045 (L-lysine:pyruvate alpha-transaminase activity)
KEGG	smil00300 (Lysine biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01230 (Biosynthesis of amino acids - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00155 (Aminotran_1_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018425

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057803132.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057803132.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803132.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803132.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057803132.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr1:28560888`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A21,B38,B39,C54
`Chr1:28561099`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,B22
`Chr1:28561104`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B140,B22
`Chr1:28561108`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B32,B47,B91,C12,C57
`Chr1:28561111`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B112
`Chr1:28561111`	`TC`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B112
`Chr1:28561115`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B112
`Chr1:28561115`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B112
`Chr1:28561319`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr1:28561523`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr1:28561557`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr1:28561569`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A13,B60,B9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803132.1

439 aa

220

439

Aminotran_1_2

PF00155 Aminotran_1_2 70-433 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803132.1`	Pfam	`PF00155`	Aminotran_1_2	Domain	70	433	3e-36	126.1	Aminotransferase class I and II

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947149.1
TAGCTCAATGTGCTTATTTGTATTTGTCTGTACTCTACTTTGACATTACATCCTAGAGTGCGGATATAATCTAAGTTAGAAGAAAACATGTATACGAGTTTAGCTTTCAGTTTCATGCCTTGCAAAACTATTTTATCTCCTAGAGCTAGCATCACAACACAAGATATTGAAAATGCCACAGTTTATTGTACAAAAGTTTCTCGTAATCCAACATTGGAGAAGCTTCAGTATAACTATTTATTCCCTGAGATATCGGAGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018425
ATGTATACGAGTTTAGCTTTCAGTTTCATGCCTTGCAAAACTATTTTATCTCCTAGAGCTAGCATCACAACACAAGATATTGAAAATGCCACAGTTTATTGTACAAAAGTTTCTCGTAATCCAACATTGGAGAAGCTTCAGTATAACTATTTATTCCCTGAGATATCGGAGAGAGAAGCTCAACATGCTAAAAAGTATCCTAATGCAAAAATCATCAGCCTTGGGATTGGCGACACTACTGAGCCATTACCAGATGTTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803132.1
MYTSLAFSFMPCKTILSPRASITTQDIENATVYCTKVSRNPTLEKLQYNYLFPEISEREAQHAKKYPNAKIISLGIGDTTEPLPDVVASSMGNYAYSLSTRTGYRGYGAEQGSKDLREAITETFYKDMGIQGAEVFVSDGAQCDISRLQMLFGSNMSIAVQDPIFPAYIDSSVIIGQTGDVEQGSGRYQNIEYMRCDHHHNFFPDLSKTTRTDIIFFCSPNNPTGHAASWEQLEQLVKLAQENGSIIVYDSAYAVYISDG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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