Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001348`

染色体: Chr03 坐标: 15718797-15721673 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001348`
名称	SmilChr03G001348
描述	putative late blight resistance protein homolog R1B-23
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	15718797 - 15721673 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018446`
GeneID	`131018446`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018446`
原始查询	`LOC131018446`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative late blight resistance protein homolog R1B-23
产物	putative late blight resistance protein homolog R1B-23
Arabidopsis	`AT5G35450` (AT5G35450) Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833508] identity=27.5; qcov=0.866; evalue=1.08e-59; confidence=low
Rice	`Os07g0186500` - identity=28; qcov=0.757; evalue=1.11e-64; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF23559 (WHD_DRP); PF23598 (LRR_14)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018446

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057803151.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057803151.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057803151.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057803151.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803151.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:15718823`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B11
`Chr3:15718975`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B98,C14,D10
`Chr3:15719188`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr3:15719189`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D7
`Chr3:15719194`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	64	A13,A14,A18,A24,A8,B100,B108,B109,B111,B113,B119,B125,B129,B136,B16,B18,B2,B25,B34,B40,B46,B49,B50,B52,B64,B65,B68,B69,B70,B72,B84,B85,B87,B89,B94,B99,C13,C16,C18,C2,C20,C22,C23,C25,C27,C3,C32,C4,C45,C47,C51,C56,C6,C68,C7,C72,C73,C80,C84,D11,D2,D3,D5,D8
`Chr3:15719214`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B44,B48
`Chr3:15719228`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B44,B48
`Chr3:15719272`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B44,B48
`Chr3:15719589`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C64,C66
`Chr3:15719604`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C44
`Chr3:15719638`	`C`	`CTT`	2bp_insertion	frameshift_variant	1	B122
`Chr3:15719638`	`C`	`CTT`	2bp_insertion	CDS_variant	1	B122

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803151.1

958 aa

479

958

NB-ARC

WHD_DRP

LRR_14

PF00931 NB-ARC 252-420 aa PF23559 WHD_DRP 508-573 aa PF23598 LRR_14 612-900 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803151.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	252	420	7.8e-40	137.0	NB-ARC domain
`XP_057803151.1`	Pfam	`PF23559`	WHD_DRP	Domain	508	573	9.1e-18	64.8	Disease resistance protein Winged helix domain
`XP_057803151.1`	Pfam	`PF23598`	LRR_14	Repeat	612	900	2e-13	50.6	Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947168.1
ATGGCGGCAGCTTACGCAGCTTTGGCTTCTCTTTCGAATATGATAGATCGGCTTCAGCGTCATCCTTTCCCTCCAATTTCTCTCGACGAGAAACAAGTTCAATCTCTCACAGATAATGCTACCTTTTTGGAGGAATTTCTCCAATGCTATAACTCTCCTTTTGGGCAAATCGATGGAGCTGATCCTTTGCAGATTCGCATTGCAGATGCAGCTCGTGCCACAGAAGCTGCTATTGAGTCCTATATAGCACGCGTCGTTAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018446
ATGGCGGCAGCTTACGCAGCTTTGGCTTCTCTTTCGAATATGATAGATCGGCTTCAGCGTCATCCTTTCCCTCCAATTTCTCTCGACGAGAAACAAGTTCAATCTCTCACAGATAATGCTACCTTTTTGGAGGAATTTCTCCAATGCTATAACTCTCCTTTTGGGCAAATCGATGGAGCTGATCCTTTGCAGATTCGCATTGCAGATGCAGCTCGTGCCACAGAAGCTGCTATTGAGTCCTATATAGCACGCGTCGTTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803151.1
MAAAYAALASLSNMIDRLQRHPFPPISLDEKQVQSLTDNATFLEEFLQCYNSPFGQIDGADPLQIRIADAARATEAAIESYIARVVMLNGVLIDRGEEMVSDEEIGCEIEFNPSSYAKTDPGEEIVSEEETISHGEELNFRDQIFCGEELSWLDEIGSGEEIDREEELNWGDEIESEEEIDHVEEINCINFYQDLEQLVEEMDLIKSEAMEIVEEERGVQNQLQRSNQPQRSILGPFDARQSVMVGHDDVLLQVLDKLTG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器