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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001382

染色体: Chr03 坐标: 16350583-16352234 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001382
名称SmilChr03G001382
描述disease resistance protein RPP13-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向16350583 - 16352234 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018458
GeneID131018458
locus_tag-
NCBI NameLOC131018458
原始查询LOC131018458

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述disease resistance protein RPP13-like
产物disease resistance protein RPP13-like
ArabidopsisAT3G46530 (RPP13)
NB-ARC domain-containing disease resistance protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:823806]
identity=36.8; qcov=0.842; evalue=3.28e-17; confidence=low
RiceOs12g0467300
-
identity=35.4; qcov=0.914; evalue=2.28e-17; confidence=low
GOGO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00931 (NB-ARC)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018458

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057803161.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057803161.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057803161.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803161.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803161.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803161.1
139 aa
N
1
70
139
NB-ARC
C
PF00931 NB-ARC 22-134 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803161.1 Pfam PF00931 NB-ARC Domain 22 134 1e-25 91.0 NB-ARC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947178.1
TTGTCTGCGGATATTAAAGAAATCATCAGATCCATACTCGGCCACATCGTTGACTTGAAGTCTTTTCTCGGAGACTTACCACAAATAGTCAACAACTTGGAATTGGAAGGCCAACTCAGGGAGGTAGCAACTCCAACAAAAGATGTAATCGAATCTCTTCTGTCCGCAAAAGATCCATCAGATTACAGATCAATCAAGCAGACCGTCGGAGTGTCGGATTCCGATTTCGGGCTTCAGTTGCAGCAAGTAGCAGAGAAATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018458
ATGATGCTTGGTTCTCATGAAGATCTATTCTGGGTAATGAAGCAGCTTACTTTCGGTTGTTCTTCATCCAGACTACAAGTCCTTTCAATTGTTGGAACTGGAGGTATTGGGAAAACCACATTTGCTGAAACTATTTATAATAGTCCAATTATGGAGTGTTTTGATATTCGGGGTTGGGTGACTGTATCACAAGATTATAGCGAAGGAAGGGTTGCTTTAGATCTGCTAGCTTCTGTGAAAGGAATTTCAACTTTACAGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803161.1
MMLGSHEDLFWVMKQLTFGCSSSRLQVLSIVGTGGIGKTTFAETIYNSPIMECFDIRGWVTVSQDYSEGRVALDLLASVKGISTLQSKIPKEDEIREYLMGGRYLIVMDNVWSKKAWDDVRKLFPDNDRYHIIIILDLA

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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