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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001466

染色体: Chr03 坐标: 17530269-17532334 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001466
名称SmilChr03G001466
描述uncharacterized SmilChr03G001466
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向17530269 - 17532334 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018480
GeneID131018480
locus_tag-
NCBI NameLOC131018480
原始查询LOC131018480

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]; symbol=MUG7; hit=AT3G05850; species=arabidopsis; confidence=weak
产物MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]; symbol=MUG7; hit=AT3G05850; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisAT3G05850 (MUG7)
MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859]
identity=23.2; qcov=0.978; evalue=3.24e-41; confidence=weak
RiceOs12g0597300
-
identity=27.1; qcov=0.586; evalue=5.96e-35; confidence=low
GO-
KEGG-
PfamPF00872 (Transposase_mut); PF10551 (MULE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018480

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803180.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803180.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803180.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803180.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057803180.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:17530300 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B81,B98,C63
Chr3:17530338 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr3:17530382 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,D4
Chr3:17530416 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,D4
Chr3:17530422 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B104
Chr3:17530422 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr3:17530437 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B128
Chr3:17530467 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B101
Chr3:17530467 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr3:17530561 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr3:17530685 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39
Chr3:17530709 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803180.1
643 aa
N
1
322
643
Transposase_mut
MULE
C
PF00872 Transposase_mut 427-527 aa PF10551 MULE 428-522 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803180.1 Pfam PF00872 Transposase_mut Family 427 527 3e-11 43.6 Transposase, Mutator family
XP_057803180.1 Pfam PF10551 MULE Domain 428 522 9.7e-21 74.7 MULE transposase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947197.1
ATGTCGTTTCAAGCAATCGTTATACGGCACAGTGGTCAGTGGAAATTAACCGAGTATGAAGGAGGCGATGAGGTTGTCGTGTACATGTCTAAGGAAGACCTTTGTCATGCGAAGTTGATGCAAGAGGTGCACGATCAATTAAACGAGGATGGTCGATCCACTTATATGCTTTTCTACACATCGACCACGGACGAAGGGCGAAAAATAAAAGTGGCTTTGAAGACTAATTCGGATTTGAACCGGCTGATTTCCGAGCATAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018480
ATGTCGTTTCAAGCAATCGTTATACGGCACAGTGGTCAGTGGAAATTAACCGAGTATGAAGGAGGCGATGAGGTTGTCGTGTACATGTCTAAGGAAGACCTTTGTCATGCGAAGTTGATGCAAGAGGTGCACGATCAATTAAACGAGGATGGTCGATCCACTTATATGCTTTTCTACACATCGACCACGGACGAAGGGCGAAAAATAAAAGTGGCTTTGAAGACTAATTCGGATTTGAACCGGCTGATTTCCGAGCATAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803180.1
MSFQAIVIRHSGQWKLTEYEGGDEVVVYMSKEDLCHAKLMQEVHDQLNEDGRSTYMLFYTSTTDEGRKIKVALKTNSDLNRLISEHKKYPVVYVIEKGKQSAAPVPQTQERVYYEGHRSTMFPIETDIGRSIPTHDDSRDDSSSQEEEDESESSDEEEEAIRRREILDSVSTEQEAWRQTGPQNFTSDDQPDVEPRVGVQQLEARDWGIPVLDFDDAPALGWEDSNVLESGILSVGALFRSKDDLAIAVGLYHMENHVEY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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