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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001518

染色体: Chr03 坐标: 18641663-18644197 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001518
名称SmilChr03G001518
描述UDP-glycosyltransferase 83A1-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向18641663 - 18644197 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018492
GeneID131018492
locus_tag-
NCBI NameLOC131018492
原始查询LOC131018492

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述UDP-glycosyltransferase 83A1-like
产物UDP-glycosyltransferase 83A1-like
ArabidopsisAT3G02100 (AT3G02100)
UDP-Glycosyltransferase superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820287]
identity=38.6; qcov=1.02; evalue=2.28e-104; confidence=medium
RiceOs03g0757200
-
identity=38.8; qcov=0.993; evalue=2.03e-110; confidence=medium
GOGO:0008194 (UDP-glycosyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF00201 (UDPGT)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018492

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057803194.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057803194.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803194.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803194.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803194.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:18641665 A ATG 2bp_insertion frameshift_variant 10 A23,A4,B27,B35,B6,B71,B77,B99,C71,C78
Chr3:18641697 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 37 A16,A25,A4,A9,B101,B110,B128,B134,B136,B137,B16,B23,B24,B26,B40,B45,B53,B65,B70,B77,B8,B93,B95,C1,C15,C4,C42,C49,C50,C53,C6,C60,C65,C70,C80,D2,D9
Chr3:18641725 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 6 A23,A4,B6,B71,C38,C71
Chr3:18641732 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B124,B18,B61,B85
Chr3:18641817 T TTC 2bp_insertion frameshift_variant 1 B74
Chr3:18641817 T TTC 2bp_insertion CDS_variant 1 B74
Chr3:18641981 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 44 A10,A11,A16,A3,A6,B103,B106,B11,B117,B126,B136,B137,B19,B30,B33,B36,B41,B42,B43,B48,B52,B54,B64,B68,B84,B86,C17,C18,C19,C2,C28,C30,C35,C41,C45,C5,C7,C72,C75,C76,C80,C84,D2,D5
Chr3:18641990 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A6,C77
Chr3:18642019 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A15
Chr3:18642023 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 40 A15,B100,B119,B120,B123,B125,B134,B14,B19,B20,B34,B56,B58,B60,B64,B65,B69,B73,B74,B78,B96,B97,C1,C14,C21,C24,C38,C40,C42,C52,C57,C58,C65,C71,C73,C85,C86,D1,D10,D4
Chr3:18642044 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 85 A1,A13,A16,A18,A21,A25,A4,A9,B10,B100,B101,B104,B106,B110,B115,B121,B128,B130,B134,B136,B137,B14,B140,B16,B23,B24,B26,B3,B34,B38,B39,B40,B44,B45,B47,B5,B51,B53,B57,B61,B65,B72,B77,B78,B8,B80,B82,B83,B86,B89,B93,B95,C11,C12,C14,C16,C17,C18,C2,C22,C23,C29,C3,C33,C36,C4,C41,C42,C49,C50,C51,C53,C56,C6,C60,C61,C65,C69,C70,C80,C87,D11,D2,D4,D9
Chr3:18642045 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 8 B134,B137,B16,B8,C42,C50,C60,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803194.1
459 aa
N
1
230
459
UDPGT
C
PF00201 UDPGT 267-430 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803194.1 Pfam PF00201 UDPGT Family 267 430 4.4e-23 82.6 UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947211.1
CGCCAAAACACACATACCGACACACAAACTGCATAATAGAAAAGCTCTATTTCCCTTAAACACAATCAATTCATGGCTGCATTGAGTGGGAAGAAGCCTCACGTAATGGCCGTGGCCGTCCCCGGTCAAGGCCATATTACGCCTCTCATGAATCTCTGTCGTGAAATAGCCAAACGAGGGATTAAGGTCACGTTTGTCAACGCCCGAACTATACATGAAAAATTAGTCGCCGCCGCGGAAGATATTGATGATTACATCGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018492
ATGGCTGCATTGAGTGGGAAGAAGCCTCACGTAATGGCCGTGGCCGTCCCCGGTCAAGGCCATATTACGCCTCTCATGAATCTCTGTCGTGAAATAGCCAAACGAGGGATTAAGGTCACGTTTGTCAACGCCCGAACTATACATGAAAAATTAGTCGCCGCCGCGGAAGATATTGATGATTACATCGCACTCGCCTCAGTCCCCGACGAGATCATTCCCGACATCCATCCAAACGAGCCCTTCAAGCTCTTGGCTTCTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803194.1
MAALSGKKPHVMAVAVPGQGHITPLMNLCREIAKRGIKVTFVNARTIHEKLVAAAEDIDDYIALASVPDEIIPDIHPNEPFKLLASLRKTMPLTLPDLIESINNSNPDQKISCIIVDLALGWIVEIAQKMGIEPVGFSVVSMADTAIILQSPKLLEGGIVDTHGISSILHLLSDDIPPWRKNELPWSSSSDEKIRKKSFEIVMEFRAANQVKWLICNSCYELEPAAYGLYPNFLPLGLFHQSETKSNSGSLLPADSSCLS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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