Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001540`

染色体: Chr03 坐标: 19307128-19308251 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001540`
名称	SmilChr03G001540
描述	uncharacterized SmilChr03G001540
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	19307128 - 19308251 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018498`
GeneID	`131018498`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018498`
原始查询	`LOC131018498`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	GO:0004857 (enzyme inhibitor activity)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018498

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057803199.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057803199.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803199.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803199.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057803199.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:19307184`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	58	A1,A25,A4,A9,B101,B105,B108,B109,B110,B133,B137,B22,B23,B27,B4,B41,B44,B45,B5,B51,B53,B57,B65,B7,B77,B89,B9,B90,B93,B94,B95,B98,B99,C1,C10,C17,C19,C21,C23,C26,C29,C3,C36,C4,C47,C49,C54,C55,C6,C64,C65,C66,C70,C72,C82,C83,C85,C87
`Chr3:19307208`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,C82
`Chr3:19307220`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C20,C7
`Chr3:19307231`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr3:19307249`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A20,C68,D3
`Chr3:19307251`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	7	B134,B136,B137,B40,B45,C15,C60
`Chr3:19307290`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C32
`Chr3:19307297`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B111,B127
`Chr3:19307300`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C32
`Chr3:19307321`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B12,B35,B55
`Chr3:19307322`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B94,C21,C72
`Chr3:19307537`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947216.1
ATGAGACAACAACAACACCACTTCCATTCGAATACCTCATTGCACAGGAAACGTCAGATTGATAGAAAAATCAGATTCACGAAAATTTACCTTCTTGTTTTCAGTAGCAACGCGACGACGACAACCGCCACAAGAACAAGCTCCAAAATCCAATCCCTTCTCTCCCAAACCAGCGATCCGAATCTGAAGGTGGTTTACAGCTTCTGCTCGAACTACTACACGCCCCCACTCAGCGCCCTTTCGGCGGCCAAGGAGAAGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018498
ATGAGACAACAACAACACCACTTCCATTCGAATACCTCATTGCACAGGAAACGTCAGATTGATAGAAAAATCAGATTCACGAAAATTTACCTTCTTGTTTTCAGTAGCAACGCGACGACGACAACCGCCACAAGAACAAGCTCCAAAATCCAATCCCTTCTCTCCCAAACCAGCGATCCGAATCTGAAGGTGGTTTACAGCTTCTGCTCGAACTACTACACGCCCCCACTCAGCGCCCTTTCGGCGGCCAAGGAGAAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803199.1
MRQQQHHFHSNTSLHRKRQIDRKIRFTKIYLLVFSSNATTTTATRTSSKIQSLLSQTSDPNLKVVYSFCSNYYTPPLSALSAAKEKLRLRAFHDVKSAANTVFSDAAACRKAFDMRVFF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器