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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001558

染色体: Chr03 坐标: 19644373-19654159 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001558
名称SmilChr03G001558
描述uncharacterized SmilChr03G001558
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向19644373 - 19654159 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018500
GeneID131018500
locus_tag-
NCBI NameLOC131018500
原始查询LOC131018500

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018500

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803201.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057803201.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803201.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803201.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803201.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:19644935 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr3:19646348 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr3:19646359 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,B140
Chr3:19646369 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B5,B57
Chr3:19646408 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B5,B57,C82
Chr3:19646423 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 17 A20,B118,B121,B136,B140,B31,B36,B44,B54,B85,B90,C13,C15,C5,C51,C61,C84
Chr3:19646841 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr3:19646854 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 6 B38,B39,B91,C39,D6,D7
Chr3:19646883 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B15,B22,C82
Chr3:19646915 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B39,D1
Chr3:19646932 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 64 A14,A15,A19,A2,A20,A25,A4,A6,A7,B10,B102,B103,B105,B111,B113,B115,B122,B130,B138,B139,B14,B16,B18,B20,B39,B43,B50,B52,B58,B59,B61,B62,B64,B69,B7,B75,B79,B80,B81,B86,B90,B93,B94,B96,C12,C16,C21,C26,C32,C35,C36,C39,C43,C46,C52,C54,C65,C68,C73,C78,C79,C85,D10,D7
Chr3:19646935 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 3 B117,B122,C22

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947218.1
ATGACGAGGGAGATGAATATGAGGGTGGCGGCAGCGGTTTTCCTTGGGGAGTGGGGGTGGGAGGCGGTGGATAGGAGGACGGAGGAGGAGGAGGAGGAAGCGCGGAGATCGTCTTCGAGTTCATTAGTTGAGATTGAAAGTGAGGTTGTTAGAGTGGATTCTGGATCAGAAGCCATTAGTGTAAAGGTAGAAGAAGAAGAAAAAGGAAGATTCTACGCCACTTCCATCTCCATTCTAACAAGCAATCTAATTCTGAAAAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018500
ATGACGAGGGAGATGAATATGAGGGTGGCGGCAGCGGTTTTCCTTGGGGAGTGGGGGTGGGAGGCGGTGGATAGGAGGACGGAGGAGGAGGAGGAGGAAGCGCGGAGATCGTCTTCGAGTTCATTAGTTGAGATTGAAAGTGAGGTTGTTAGAGTGGATTCTGGATCAGAAGCCATTAGTGTAAAGGTAGAAGAAGAAGAAAAAGGAAGATTCTACGCCACTTCCATCTCCATTCTAACAAGCAATCTAATTCTGAAAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803201.1
MTREMNMRVAAAVFLGEWGWEAVDRRTEEEEEEARRSSSSSLVEIESEVVRVDSGSEAISVKVEEEEKGRFYATSISILTSNLILKNLISPVSTPSTAANLPHRARRLHPSTAPPLLSRLHPSTYRGESAPPCPASPSLHPPPRSAYNPTAIRRAGTHHLLSRLHPSTHRRNLPHLAWSRPPPRSASPSPSLHPPCPPLAAICPTTPRPSHRHDLLHQLFLSPTAIRRPASSDYHFSDLPLPTAISHAVVIGSGPANCRC...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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