Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001648`

染色体: Chr03 坐标: 21413235-21416685 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001648`
名称	SmilChr03G001648
描述	uncharacterized SmilChr03G001648
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	21413235 - 21416685 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018521`
GeneID	`131018521`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018521`
原始查询	`LOC131018521`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ankyrin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835550]; symbol=ANK; hit=AT5G54610; species=arabidopsis; confidence=low
产物	ankyrin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835550]; symbol=ANK; hit=AT5G54610; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT5G54610` (ANK) ankyrin [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835550] identity=37.4; qcov=0.432; evalue=1.57e-32; confidence=low
Rice	`Os01g0837000` (OsNPR4) - identity=24.8; qcov=0.589; evalue=8.41e-07; confidence=weak
GO	GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF12796 (Ank_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018521

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057803222.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057803222.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803222.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803222.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057803222.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:21413291`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B111,C40
`Chr3:21413301`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B77,C13,C26,C5
`Chr3:21413364`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	59	A11,A14,A15,A23,A25,A3,A5,B100,B103,B117,B119,B121,B122,B126,B130,B131,B138,B15,B24,B31,B32,B36,B38,B41,B54,B63,B7,B73,B78,B81,B83,B84,B86,B89,B9,B93,C17,C19,C21,C30,C35,C37,C48,C5,C61,C64,C65,C66,C7,C73,C75,C76,C78,C83,C85,C9,D10,D11,D4
`Chr3:21413366`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	59	A11,A14,A15,A23,A25,A3,A5,B100,B103,B117,B119,B121,B122,B126,B130,B131,B138,B15,B24,B31,B32,B36,B38,B41,B54,B63,B7,B73,B78,B81,B83,B84,B86,B89,B9,B93,C17,C19,C21,C30,C35,C37,C48,C5,C61,C64,C65,C66,C7,C73,C75,C76,C78,C83,C85,C9,D10,D11,D4
`Chr3:21413394`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B21
`Chr3:21413395`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B113,C37
`Chr3:21413405`	`AG`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B77,C26
`Chr3:21413405`	`AG`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B77,C26
`Chr3:21413473`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B1,B140,B33,C82
`Chr3:21413490`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B63,B83,C48
`Chr3:21413493`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B73,B99,C26
`Chr3:21413509`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C58,C85

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803222.1

377 aa

188

377

Ank_2

PF12796 Ank_2 48-108 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803222.1`	Pfam	`PF12796`	Ank_2	Repeat	48	108	1.7e-14	54.9	Ankyrin repeats (3 copies)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947239.1
GCAGAAAATGGAGGGCGAAAAAAAGAAAACGGCAGAAGAAATTCTAAACATAGCAAGTATATGTGAGGGTGGCTGCAGAGACAAACAAAACTGCTGCATGGATCATTTATACTCACTGATAAAGGATCACACAAAGGAGTGGAAGGAGATCGAGGAGATGAGGTTCGCGGAAACTCCGCTGCACACAGCGGCAGCGGCGGGGAACACGGAGGTGGCCATGGAGATCTTTAACCTGATGCCGTCGCTGGGCAGGAAGCTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018521
ATGGAGGGCGAAAAAAAGAAAACGGCAGAAGAAATTCTAAACATAGCAAGTATATGTGAGGGTGGCTGCAGAGACAAACAAAACTGCTGCATGGATCATTTATACTCACTGATAAAGGATCACACAAAGGAGTGGAAGGAGATCGAGGAGATGAGGTTCGCGGAAACTCCGCTGCACACAGCGGCAGCGGCGGGGAACACGGAGGTGGCCATGGAGATCTTTAACCTGATGCCGTCGCTGGGCAGGAAGCTGAACAAGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803222.1
MEGEKKKTAEEILNIASICEGGCRDKQNCCMDHLYSLIKDHTKEWKEIEEMRFAETPLHTAAAAGNTEVAMEIFNLMPSLGRKLNKEGLSPLHLAIEGAHHDTARVMARSDKQLVRVKGKKGMTPLMQCAARADGDEGIKDLRLLARLLVACPDSVADVNNNNQTVIHVALEHRRCDTVCMLVDWLRRISSLRQGYQRQHHPSRCSSIWLCQEILKMQRQTRFYSAGDNALRKHLAGRMVMEENHYRAFMPTNTFAFALS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器