Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001652`

染色体: Chr03 坐标: 21462149-21463123 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001652`
名称	SmilChr03G001652
描述	uncharacterized SmilChr03G001652
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	21462149 - 21463123 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018522`
GeneID	`131018522`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018522`
原始查询	`LOC131018522`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT2G01050` (AT2G01050) zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629] identity=24.9; qcov=0.522; evalue=9.16e-19; confidence=weak
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018522

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057803223.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057803223.1`
3	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.40000	`XP_057803223.1`
4	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057803223.1`
5	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057803223.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:21462154`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B10,B105,B43,B66
`Chr3:21462157`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B45
`Chr3:21462166`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,A24
`Chr3:21462170`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B41,B44
`Chr3:21462175`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B104
`Chr3:21462175`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B104
`Chr3:21462221`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	A2,B51
`Chr3:21462221`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,B51
`Chr3:21462223`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A10,B9,C3,C49,C55
`Chr3:21462246`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A7,B80,C3
`Chr3:21462309`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	A20,C49,C54
`Chr3:21462309`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A20,C49,C54

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947240.1
ATGGAGAAGGGCTATTTCACGGTGAAATTCATGACGATGGAGGATAAACTTAGAGTTAAAAACAATTCGATTCAGGAGTTGCCTACGGGCCATATCCGTCTCCGTGAATGGGTTCGCTATTTTGACCCATATAAAGAATCATCGTCGTTAGCTCAAATATGGGTCCGTATATATTATCTGCCTTGGGAATTTTGGAAACCGGAGGTGATTTCAGGAATTGGAAGAGCGTTGGGCACTCCTATTCGCATTGATCATGCTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018522
ATGGAGAAGGGCTATTTCACGGTGAAATTCATGACGATGGAGGATAAACTTAGAGTTAAAAACAATTCGATTCAGGAGTTGCCTACGGGCCATATCCGTCTCCGTGAATGGGTTCGCTATTTTGACCCATATAAAGAATCATCGTCGTTAGCTCAAATATGGGTCCGTATATATTATCTGCCTTGGGAATTTTGGAAACCGGAGGTGATTTCAGGAATTGGAAGAGCGTTGGGCACTCCTATTCGCATTGATCATGCTTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803223.1
MEKGYFTVKFMTMEDKLRVKNNSIQELPTGHIRLREWVRYFDPYKESSSLAQIWVRIYYLPWEFWKPEVISGIGRALGTPIRIDHASANAEVGHFARILVEVDMARPILNSMYIDDGNTSFYIEFGFETMPFFCSHCKITGHSSEKCRRLPADKAKVGTKQAEPMTVEVAGLKPSWQAKAAAVSLPKDMGALGAGLEAVENSSQSKEIKSAGKEKAPVVQQEKQPGVEGNAKVLNSPRMSRESPLRNSTLTNRFDALRYE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器