当前解析结果
SmilChr03G001678| 统一新 Gene ID | SmilChr03G001678 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G001678 |
| 描述 | methionine aminopeptidase 1A-like |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 22032539 - 22048532 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131018528 |
|---|---|
| GeneID | 131018528 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018528 |
| 原始查询 | LOC131018528 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | methionine aminopeptidase 1A-like |
| 产物 | methionine aminopeptidase 1A-like |
| Arabidopsis | AT2G45240 (MAP1A)methionine aminopeptidase 1A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819132] identity=76.5; qcov=0.553; evalue=1.09e-68; confidence=medium |
| Rice | Os10g0508400- identity=82.2; qcov=0.48; evalue=8.34e-64; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00557 (Peptidase_M24) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018528 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057803230.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057803230.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057803230.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057803230.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057803230.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:22032660 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B35,B37 |
Chr3:22032946 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B102,B16,B85,C61 |
Chr3:22036755 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B122,B131 |
Chr3:22036756 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C75,C85,D1 |
Chr3:22037171 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A4,A8,B123,C3,D4 |
Chr3:22037205 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B21 |
Chr3:22037211 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | A5,B126 |
Chr3:22037211 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A5,B126 |
Chr3:22037224 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B1,B33,C65,C82 |
Chr3:22037229 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B2 |
Chr3:22047822 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A6 |
Chr3:22047830 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B83,B96 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057803230.1PF00557
Peptidase_M24 160-232 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057803230.1 |
Pfam | PF00557 |
Peptidase_M24 | Domain | 160 | 232 | 3e-13 | 50.7 | Metallopeptidase family M24 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。