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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001678

染色体: Chr03 坐标: 22032539-22048532 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001678
名称SmilChr03G001678
描述methionine aminopeptidase 1A-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向22032539 - 22048532 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018528
GeneID131018528
locus_tag-
NCBI NameLOC131018528
原始查询LOC131018528

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述methionine aminopeptidase 1A-like
产物methionine aminopeptidase 1A-like
ArabidopsisAT2G45240 (MAP1A)
methionine aminopeptidase 1A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819132]
identity=76.5; qcov=0.553; evalue=1.09e-68; confidence=medium
RiceOs10g0508400
-
identity=82.2; qcov=0.48; evalue=8.34e-64; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF00557 (Peptidase_M24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018528

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057803230.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057803230.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057803230.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803230.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803230.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:22032660 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,B37
Chr3:22032946 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B102,B16,B85,C61
Chr3:22036755 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B131
Chr3:22036756 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C75,C85,D1
Chr3:22037171 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,A8,B123,C3,D4
Chr3:22037205 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B21
Chr3:22037211 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 A5,B126
Chr3:22037211 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B126
Chr3:22037224 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B1,B33,C65,C82
Chr3:22037229 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr3:22047822 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr3:22047830 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B83,B96

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803230.1
246 aa
N
1
123
246
Peptidase_M24
C
PF00557 Peptidase_M24 160-232 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803230.1 Pfam PF00557 Peptidase_M24 Domain 160 232 3e-13 50.7 Metallopeptidase family M24

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947247.1
ATGTACTTCCCGAGACCTTACCAGGATTTGCCACCAACAAGACAGTTGGAGGTTACTATCGATCTAGAACATGGATCAGCACCAGTGTCGATGGTACCCTACAGAATGGCACCTAAGGAGCTACAAGAGCTGAAAATTCAGCTACAAGAACTGCTCGAGTTAGATTTTATCAGACCTAGTAATGAGCAAGAGCACCAACAACATGTGAGAGTAGTGTTGGAAACGCTTAGAGCTGAGAAGCTTTTCGCCAAATTCACCAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018528
ATGTACTTCCCGAGACCTTACCAGGATTTGCCACCAACAAGACAGTTGGAGGTTACTATCGATCTAGAACATGGATCAGCACCAGTGTCGATGGTACCCTACAGAATGGCACCTAAGGAGCTACAAGAGCTGAAAATTCAGCTACAAGAACTGCTCGAGTTAGATTTTATCAGACCTAGTAATGAGCAAGAGCACCAACAACATGTGAGAGTAGTGTTGGAAACGCTTAGAGCTGAGAAGCTTTTCGCCAAATTCACCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803230.1
MYFPRPYQDLPPTRQLEVTIDLEHGSAPVSMVPYRMAPKELQELKIQLQELLELDFIRPSNEQEHQQHVRVVLETLRAEKLFAKFTKGEFWLNEVTFLGHIASSKRIKVDPAKSPPYPISQKRIVPAHIEQPDCAIDGIPKIEPNSDLQHVVEVTPEQIERMRETCRIAREVLDAAARIVRPGITTDEIDAVVHEATIAAGGYPSPLNYHFFPKSCCTSVNEVICHGIPDARYVVNSSKKYMYNSC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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