当前解析结果
SmilChr03G001693| 统一新 Gene ID | SmilChr03G001693 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G001693 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G001693 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 22446841 - 22447502 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131018535 |
|---|---|
| GeneID | 131018535 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018535 |
| 原始查询 | LOC131018535 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | GO:0008270 (zinc ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF06839 (Zn_ribbon_GRF) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018535 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.80000 | XP_057803235.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.60000 | XP_057803235.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.60000 | XP_057803235.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057803235.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057803235.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:22446967 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B65,C11 |
Chr3:22447029 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A1,B36,C33,C42 |
Chr3:22447063 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C3 |
Chr3:22447070 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C3 |
Chr3:22447079 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B2,B28,C22,C25,C87 |
Chr3:22447084 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B120,C11,C4,C69 |
Chr3:22447186 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B105 |
Chr3:22447204 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B86,C48 |
Chr3:22447204 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B86,C48 |
Chr3:22447253 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A20,B13,B18,C49 |
Chr3:22447263 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B131,C59 |
Chr3:22447284 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B49,B83,B97 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057803235.1PF06839
Zn_ribbon_GRF 21-61 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057803235.1 |
Pfam | PF06839 |
Zn_ribbon_GRF | Domain | 21 | 61 | 4.5e-09 | 37.0 | GRF zinc finger |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。