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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001498

染色体: Chr01 坐标: 28841235-28847326 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001498
名称SmilChr01G001498
描述mitochondrial arginine transporter BAC2
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向28841235 - 28847326 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018540
GeneID131018540
locus_tag-
NCBI NameLOC131018540
原始查询LOC131018540

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述mitochondrial arginine transporter BAC2
产物mitochondrial arginine transporter BAC2
ArabidopsisAT4G15010 (AT4G15010)
Mitochondrial substrate carrier family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827160]
identity=56.2; qcov=0.997; evalue=3.46e-162; confidence=high
RiceOs04g0527500
-
identity=57.3; qcov=0.328; evalue=5.12e-46; confidence=low
GOGO:0006810 (transport); GO:0022857 (transmembrane transporter activity)
KEGG-
PfamPF00153 (Mito_carr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018540

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057803240.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057803240.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.80000 XP_057803240.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803240.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803240.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:28843208 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C6
Chr1:28843208 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6
Chr1:28843455 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B132,C39
Chr1:28843690 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B105,B72,B80,C28,C83
Chr1:28846861 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B98,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803240.1
378 aa
N
1
189
378
Mito_carr
Mito_carr
C
PF00153 Mito_carr 8-96 aa PF00153 Mito_carr 107-141 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803240.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 8 96 9e-29 99.8 Mitochondrial carrier protein
XP_057803240.1 Pfam PF00153 Mito_carr Repeat 107 141 9e-29 99.8 Mitochondrial carrier protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947257.1
CAAAAGCCCATCATTTGAAGGAAATAGGCCCATTTAACTCGGATCGCAACATATATAAAGCAGAGGCTCAGAGATGAACTGAAATGAAAATGGAGAAAAAGGGGACAAGGACAAGTGTAGAGCGGGAAATATCAGCTGAAACGTAGAAACGCACAGCGTCGCCGCCGCAGGCTAACTGAGTATTAGTTATCGATTTCTGCTGTTTTCTTCTCTGCTGCTCACAATTTCGGTTTCTTCTCGAAGGCGAGCGGTGTTCAAGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018540
ATGAACGAATTGTTGAATAACAAGACATTCGCGGTGCACGCCGCGGCCGCCGCGGCGTCCGTGGCCCTAGGCACTGCCGTGACATACCCGCTGGACACTCTCAAAGCCTTGATGCAGGTTGGCTCCACTGGTAAGAGACCGTTGACTGCGGCTGATGTTCTTTACAGAGTGCGAGTTTTATCAGGATATTCAGGTTTGTATAATGGCGTTGGGTGGCTGATTATGGGAAGAACATTGGGTCTTGGTGTTCGCTTTGGCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803240.1
MNELLNNKTFAVHAAAAAASVALGTAVTYPLDTLKALMQVGSTGKRPLTAADVLYRVRVLSGYSGLYNGVGWLIMGRTLGLGVRFGVYEILTAFYEDGREDDHLLLSEAMLAGFASGTVESLVSSPFEMIKVRAQVASASRITTPPSIVEKSVVPPLVSRLLPRCSLDMTAMSKSISLLSTLTTRNGNILDSLKEYPWMMTGSGKPPPVSNVRTLLEIVSLEGWTALWRGYRSGIVRDSIFGGLFFGSWQFLHEVMLNWK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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