当前解析结果
SmilChr03G001755| 统一新 Gene ID | SmilChr03G001755 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G001755 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G001755 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 23851937 - 23852533 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131018548 |
|---|---|
| GeneID | 131018548 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018548 |
| 原始查询 | LOC131018548 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os04g0191000- identity=26.8; qcov=0.982; evalue=2.01e-13; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0015074 (DNA integration) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018548 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057803246.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057803246.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057803246.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057803246.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057803246.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:23851949 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B104,B117,B34,C14,C86 |
Chr3:23851951 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B11,C42 |
Chr3:23851960 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B113,B41,C18 |
Chr3:23851963 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B38,B39,C21 |
Chr3:23851979 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 19 | A7,B115,B117,B122,B123,B129,B137,B18,B20,B31,B51,B54,B56,B59,B77,B85,B88,B90,C84 |
Chr3:23851980 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 44 | A11,A22,B113,B118,B119,B131,B133,B135,B17,B2,B35,B5,B52,B67,B79,B80,B83,B84,B87,B94,C11,C16,C18,C2,C21,C25,C3,C30,C37,C5,C52,C54,C58,C59,C60,C62,C63,C69,C7,C76,C79,C86,C9,D8 |
Chr3:23851983 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A18,B105 |
Chr3:23851998 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 19 | A15,B10,B140,B16,B25,B72,B8,B80,B93,C21,C3,C34,C68,C72,C73,C76,C9,D2,D9 |
Chr3:23852013 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B22,B80,C17 |
Chr3:23852016 |
G |
GA |
1bp_insertion | frameshift_variant | 3 | B107,B68,D1 |
Chr3:23852016 |
G |
GA |
1bp_insertion | CDS_variant | 3 | B107,B68,D1 |
Chr3:23852042 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B4 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。