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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001855`

染色体: Chr03 坐标: 25578078-25588940 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001855`
名称	SmilChr03G001855
描述	uncharacterized SmilChr03G001855
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	25578078 - 25588940 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018582`
GeneID	`131018582`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018582`
原始查询	`LOC131018582`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os03g0643433; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os03g0643433; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G24255` (AT3G24255) RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822013] identity=25.5; qcov=0.336; evalue=5.22e-33; confidence=low
Rice	`Os03g0643433` - identity=28.1; qcov=0.479; evalue=3.89e-65; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018582

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057803279.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057803279.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057803279.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803279.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803279.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:25578086`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C2,C8
`Chr3:25578093`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D1
`Chr3:25578108`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A24,B28,B50,B98,C50
`Chr3:25578111`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B122,C2,C8
`Chr3:25578130`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B56,B96,C19,C77
`Chr3:25578130`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B56,B96,C19,C77
`Chr3:25578160`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A4,B137,B16,C19
`Chr3:25578198`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C50
`Chr3:25578201`	`AT`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	57	A10,A11,A2,A22,A8,B10,B103,B110,B111,B114,B118,B121,B123,B124,B130,B132,B135,B16,B17,B2,B22,B26,B30,B33,B4,B41,B44,B47,B53,B54,B58,B79,B8,B83,B84,C11,C18,C22,C23,C25,C26,C27,C30,C32,C37,C39,C47,C51,C53,C61,C63,C67,C68,C79,C80,C85,D4
`Chr3:25578218`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B93
`Chr3:25578238`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr3:25578243`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803279.1

1306 aa

653

1306

RVT_1

zf-RVT

RVT_3

PF00078 RVT_1 224-484 aa PF13966 zf-RVT 704-783 aa PF13456 RVT_3 913-1032 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803279.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	224	484	8.4e-31	108.1	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057803279.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	704	783	9.9e-17	62.1	zinc-binding in reverse transcriptase
`XP_057803279.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	913	1032	5.7e-14	52.8	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947296.1
ATGTGGACGTCTCATCCGAACTTCTTGGATGCCGTGGCTGATTCTTGGAATATGGGAGTTGATGTGAGATGCCCTATGTTATCTGTTATGTTGAAATTGAAACGCTTGAAGGGGGTTTTACGTATCTGGAACAAGTCTGTGTTTGGGAACGTGGACTCTGCCATTGCCCAAAATCAACAAGACTTATCTGATATTCAGGTGACTATTGCGGATTTGGGCTATAATGATAGCAGATTTGATGCGGAAGTCAATTGCGAAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018582
ATGTGGACGTCTCATCCGAACTTCTTGGATGCCGTGGCTGATTCTTGGAATATGGGAGTTGATGTGAGATGCCCTATGTTATCTGTTATGTTGAAATTGAAACGCTTGAAGGGGGTTTTACGTATCTGGAACAAGTCTGTGTTTGGGAACGTGGACTCTGCCATTGCCCAAAATCAACAAGACTTATCTGATATTCAGGTGACTATTGCGGATTTGGGCTATAATGATAGCAGATTTGATGCGGAAGTCAATTGCGAAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803279.1
MWTSHPNFLDAVADSWNMGVDVRCPMLSVMLKLKRLKGVLRIWNKSVFGNVDSAIAQNQQDLSDIQVTIADLGYNDSRFDAEVNCEVKLNRFLSQKNSLLQQKSRVAWLTDGDKNTSFFHNMLKFIKDKLHIGHLRIGNDIVYDSDVIEQHIIGHFSSLFTNTASDVVDLAALEANVDLVITEEQNKGLVALPDDTEITAAAVKSFFLYTSLPAGCNSNTLILILKKDLVDSVSDLRPIVLANFLFKIISKVLASRLSSV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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