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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G001861`

染色体: Chr03 坐标: 25699659-25711749 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G001861`
名称	SmilChr03G001861
描述	uncharacterized SmilChr03G001861
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	25699659 - 25711749 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018584`
GeneID	`131018584`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018584`
原始查询	`LOC131018584`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`ATMG00860` - identity=36.5; qcov=0.104; evalue=1.33e-16; confidence=weak
Rice	`Os08g0202300` - identity=30; qcov=0.35; evalue=4.99e-36; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0015074 (DNA integration)
KEGG	-
Pfam	PF13650 (Asp_protease_2); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018584

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057803281.1`
2	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057803281.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057803281.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803281.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803281.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:25699672`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B127,B55,B85,C65
`Chr3:25699688`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B13,B53
`Chr3:25699708`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A2,B100,B113,B119,C87
`Chr3:25699745`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B13,B53
`Chr3:25699747`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B19
`Chr3:25699747`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B19
`Chr3:25699753`	`A`	`AC`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B19
`Chr3:25699753`	`A`	`AC`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B19
`Chr3:25699770`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D3
`Chr3:25708561`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,B114,C43,D3
`Chr3:25708586`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B132
`Chr3:25708597`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B120,B18,C24,C64

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803281.1

922 aa

461

922

Asp_protease_2

RT_RNaseH_2

RT_RNaseH

PF13650 Asp_protease_2 121-210 aa PF17919 RT_RNaseH_2 562-660 aa PF17917 RT_RNaseH 587-690 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803281.1`	Pfam	`PF13650`	Asp_protease_2	Domain	121	210	1e-05	26.8	Aspartyl protease
`XP_057803281.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	562	660	2.7e-27	95.5	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057803281.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	587	690	1.9e-32	112.3	RNase H-like domain found in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947298.1
ATGGCCAAGGATTGCAGCCTCACCAAGCTCAAGCAGTCACTGTCTTACGCAGTGGAAAAGTGGTGGACAATAAAGTGGAAGTTCCTGTGGAAGAACCCCCCAAGGAAGCCCGCATGGAGGAGCAAGAAAAGGAGCCACTTATACAAATCCAACAAGGTGAATGTGAACTTACCTTTGCTGGATGTGATCAGGAACGTCCCAGCATACTTGAAGTTCTTCAAGGAGTTGGCTTCTAAGAAGAGGAGGTTCAAGGACAACGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018584
ATGGCCAAGGATTGCAGCCTCACCAAGCTCAAGCAGTCACTGTCTTACGCAGTGGAAAAGTGGTGGACAATAAAGTGGAAGTTCCTGTGGAAGAACCCCCCAAGGAAGCCCGCATGGAGGAGCAAGAAAAGGAGCCACTTATACAAATCCAACAAGGTGAATGTGAACTTACCTTTGCTGGATGTGATCAGGAACGTCCCAGCATACTTGAAGTTCTTCAAGGAGTTGGCTTCTAAGAAGAGGAGGTTCAAGGACAACGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803281.1
MAKDCSLTKLKQSLSYAVEKWWTIKWKFLWKNPPRKPAWRSKKRSHLYKSNKVNVNLPLLDVIRNVPAYLKFFKELASKKRRFKDNEKILVSEVANSIMQQPLPTKQRDPGSFVINIALGNGKEASGMLDLGAGINLMPYSIFKQLELGNLKPTRMCLQLADRSVRYPHGVVKDILVRVGGLIVPVDFVVLEIGEVHENGKEYLLLGRPFMATTNTLIDIKNGTIKMTVLGESVSFSVHHNRAMPSSSLTNECSYIDAID...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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