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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001878

染色体: Chr03 坐标: 26068383-26069999 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001878
名称SmilChr03G001878
描述uncharacterized SmilChr03G001878
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向26068383 - 26069999 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018589
GeneID131018589
locus_tag-
NCBI NameLOC131018589
原始查询LOC131018589

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018589

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803285.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057803285.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057803285.1
4 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057803285.1
5 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057803285.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:26068404 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C79
Chr3:26068404 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C79
Chr3:26068416 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B119,B87
Chr3:26068424 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B114,B22
Chr3:26068427 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr3:26068429 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr3:26068430 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B128,B56,C67,C74
Chr3:26068442 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,C68
Chr3:26068447 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B106,C33,D9
Chr3:26068447 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B106,C33,D9
Chr3:26068449 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B53,B66,D2
Chr3:26068455 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 47 A6,A7,B102,B105,B112,B113,B119,B12,B120,B131,B132,B135,B14,B15,B17,B26,B44,B45,B48,B50,B52,B55,B57,B7,B74,B75,B78,B82,B93,B94,C10,C11,C13,C21,C25,C29,C40,C56,C57,C68,C74,C77,C78,C85,C87,D4,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947302.1
ATGGGATTCGTCACAGACACTCAGATTCTCTACGCGGACCTGTTGACGGGATATCTTTCGCACTGGGAGCTCCAGGAGAGGTTGGTAGCCATCGAGTCCGTATTTGAGGAGGATCCGATAGAGGCTAGAGCCGAGGATGAGGACGAGGAGAAGCCGATGGAGGATCCGATAGAGGCTAGAGCCGAGGATGAGGACGAGGAGGAGCCGATGGAGGATCCGGTAGAGGCTAGGGCCGAGGAGGATCGCGAGAGTAAAGTGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018589
ATGGGATTCGTCACAGACACTCAGATTCTCTACGCGGACCTGTTGACGGGATATCTTTCGCACTGGGAGCTCCAGGAGAGGTTGGTAGCCATCGAGTCCGTATTTGAGGAGGATCCGATAGAGGCTAGAGCCGAGGATGAGGACGAGGAGAAGCCGATGGAGGATCCGATAGAGGCTAGAGCCGAGGATGAGGACGAGGAGGAGCCGATGGAGGATCCGGTAGAGGCTAGGGCCGAGGAGGATCGCGAGAGTAAAGTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803285.1
MGFVTDTQILYADLLTGYLSHWELQERLVAIESVFEEDPIEARAEDEDEEKPMEDPIEARAEDEDEEEPMEDPVEARAEEDRESKVDTDEKMSELFCAGLRQDIRVVLASQAALSYTEALNRALDMELAMQPEKVLQAPAPPLTQTKISGGQQTVPPAQSGKRKWQGQGQQQQGKQQYLGQSSGQQMTPPCAKCNKMHLGVCKAGSNSCFHCGQAGHYLSHCPSK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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