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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001513

染色体: Chr01 坐标: 28966188-28971360 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001513
名称SmilChr01G001513
描述tubby-like F-box protein 8
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向28966188 - 28971360 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018597
GeneID131018597
locus_tag-
NCBI NameLOC131018597
原始查询LOC131018597

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述tubby-like F-box protein 8
产物tubby-like F-box protein 8
ArabidopsisAT1G25280 (TLP10)
tubby like protein 10 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839112]
identity=73; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0437900 (OsTLP1)
-
identity=74.4; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF00646 (F-box); PF01167 (Tub); PF12937 (F-box-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018597

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057803294.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057803294.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057803294.1
4 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057803294.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803294.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:28968103 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A4,A5,B32,C57,C75
Chr1:28968142 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr1:28968463 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr1:28969318 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,C32,C68
Chr1:28970489 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr1:28970600 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr1:28970632 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr1:28970662 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr1:28970714 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B106,B120,B95,C34,C76
Chr1:28970734 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C1,C52
Chr1:28970742 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20
Chr1:28970758 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,C56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803294.1
426 aa
N
1
213
426
F-box
F-box-like
Tub
C
PF00646 F-box 53-96 aa PF12937 F-box-like 53-96 aa PF01167 Tub 114-421 aa
XP_057803300.1
426 aa
N
1
213
426
F-box
F-box-like
Tub
C
PF00646 F-box 53-96 aa PF12937 F-box-like 53-96 aa PF01167 Tub 114-421 aa
XP_057803304.1
426 aa
N
1
213
426
F-box
F-box-like
Tub
C
PF00646 F-box 53-96 aa PF12937 F-box-like 53-96 aa PF01167 Tub 114-421 aa
XP_057803306.1
426 aa
N
1
213
426
F-box
F-box-like
Tub
C
PF00646 F-box 53-96 aa PF12937 F-box-like 53-96 aa PF01167 Tub 114-421 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803294.1 Pfam PF00646 F-box Domain 53 96 0.00021 21.8 F-box domain
XP_057803294.1 Pfam PF12937 F-box-like Domain 53 96 4.1e-07 30.4 F-box-like
XP_057803294.1 Pfam PF01167 Tub Domain 114 421 1.8e-107 359.6 Tub family
XP_057803300.1 Pfam PF00646 F-box Domain 53 96 0.00021 21.8 F-box domain
XP_057803300.1 Pfam PF12937 F-box-like Domain 53 96 4.1e-07 30.4 F-box-like
XP_057803300.1 Pfam PF01167 Tub Domain 114 421 1.8e-107 359.6 Tub family
XP_057803304.1 Pfam PF00646 F-box Domain 53 96 0.00021 21.8 F-box domain
XP_057803304.1 Pfam PF12937 F-box-like Domain 53 96 4.1e-07 30.4 F-box-like
XP_057803304.1 Pfam PF01167 Tub Domain 114 421 1.8e-107 359.6 Tub family
XP_057803306.1 Pfam PF00646 F-box Domain 53 96 0.00021 21.8 F-box domain
XP_057803306.1 Pfam PF12937 F-box-like Domain 53 96 4.1e-07 30.4 F-box-like
XP_057803306.1 Pfam PF01167 Tub Domain 114 421 1.8e-107 359.6 Tub family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947317.1
ATACACAGATAGATACACACACGTATGAGTAGACTTACACAACCCAAATTGAAATGACATGATTAATCAAATTTAAGAAAGTCACGAAATCCCATCTGTGTCTTTGTGTGGTGTGGCATCCTAGATGAGATGACCAAAATAAAGTAAAATAAGTCTCATAATTCTGCCCGGTGACCTAACCAAACACACCCAACAATTAAATAATTTCATTTCGCAATTTTCCATCATATATAACTCTAATAATTTATGTTTTTTTTTTA...
XM_057947311.1
TACACAACCCAAATTGAAATGACATGATTAATCAAATTTAAGAAAGTCACGAAATCCCATCTGTGTCTTTGTGTGGTGTGGCATCCTAGATGAGATGACCAAAATAAAGTAAAATAAGTCTCATAATTCTGCCCGGTGACCTAACCAAACACACCCAACAATTAAATAATTTCATTTCGCAATTTTCCATCATATATAACTCTAATAATTTATGTTTTTTTTTTAATTCATGCTATTCTTGCTCCTCCTGCTTCTTCTCC...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131018597
ATGTCTTTCCGCAGTATAGCTCGGGATTTGAGAGAGAGTTTTGGCAGCCTATCGAGGCGGAGTTTTGATGTGAGGTTGCCTGGACATTATAGGGGGAAATCACATGGTTCATTTAATGACTTGAGTGACCAGCCTTTGGTGATTCAGAACAGCAGGTGGGCTAATCTGCCTCCTGAGCTACTTTACGATGTAATTAGGAGGTTGGAGGAGAGCGAGAGCACGTGGCCCACTCGGAAACATGTAGTTGCGTGTGCAGCTGT...
LOC131018597
ATGTCTTTCCGCAGTATAGCTCGGGATTTGAGAGAGAGTTTTGGCAGCCTATCGAGGCGGAGTTTTGATGTGAGGTTGCCTGGACATTATAGGGGGAAATCACATGGTTCATTTAATGACTTGAGTGACCAGCCTTTGGTGATTCAGAACAGCAGGTGGGCTAATCTGCCTCCTGAGCTACTTTACGATGTAATTAGGAGGTTGGAGGAGAGCGAGAGCACGTGGCCCACTCGGAAACATGTAGTTGCGTGTGCAGCTGT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057803294.1
MSFRSIARDLRESFGSLSRRSFDVRLPGHYRGKSHGSFNDLSDQPLVIQNSRWANLPPELLYDVIRRLEESESTWPTRKHVVACAAVCRSWRSMCKEIVKNPEFCGKLTFPVSLKQPGSRDGTIQCFIKRDKSNLTYHLFLCLSPALLVENGKFLLSAKRTRRTTCTEYVISMDADNISRSSSTYIGKLRSNFLGTRFLIYDTQPPHACSHIPPPGRSSRRFYSKKVSPKVPTGSYNIAQITYELNVLGTRGPRKMNCIM...
XP_057803300.1
MSFRSIARDLRESFGSLSRRSFDVRLPGHYRGKSHGSFNDLSDQPLVIQNSRWANLPPELLYDVIRRLEESESTWPTRKHVVACAAVCRSWRSMCKEIVKNPEFCGKLTFPVSLKQPGSRDGTIQCFIKRDKSNLTYHLFLCLSPALLVENGKFLLSAKRTRRTTCTEYVISMDADNISRSSSTYIGKLRSNFLGTRFLIYDTQPPHACSHIPPPGRSSRRFYSKKVSPKVPTGSYNIAQITYELNVLGTRGPRKMNCIM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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