当前解析结果
SmilChr03G001912| 统一新 Gene ID | SmilChr03G001912 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr03G001912 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr03G001912 |
| 染色体 / SeqID | Chr03 / NC_080389.1 |
| 坐标与链方向 | 26746183 - 26749116 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131018605 |
|---|---|
| GeneID | 131018605 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131018605 |
| 原始查询 | LOC131018605 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF31073 (DUF8803) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131018605 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057803301.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057803301.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057803301.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057803301.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057803301.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr3:26746195 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr3:26746232 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B48,C30 |
Chr3:26746263 |
TG |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C38 |
Chr3:26746263 |
TG |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | C38 |
Chr3:26746269 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B45,B58,B69,B75 |
Chr3:26746273 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C45,C54 |
Chr3:26746277 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A18,B45,B58,B69,B75 |
Chr3:26746282 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B133,B42,B43,B90,B92 |
Chr3:26746296 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B17,B21,C30,C54 |
Chr3:26746302 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C54 |
Chr3:26746348 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A15,A18,B58,B69,B75 |
Chr3:26746365 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B105,B132,B64 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057803301.1PF31073
DUF8803 175-235 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057803301.1 |
Pfam | PF31073 |
DUF8803 | Domain | 175 | 235 | 5.4e-09 | 36.5 | Domain of unknown function (DUF8803) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。