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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001915

染色体: Chr03 坐标: 26802450-26806550 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001915
名称SmilChr03G001915
描述chromatin structure-remodeling complex protein SYD-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向26802450 - 26806550 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018606
GeneID131018606
locus_tag-
NCBI NameLOC131018606
原始查询LOC131018606

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述chromatin structure-remodeling complex protein SYD-like
产物chromatin structure-remodeling complex protein SYD-like
ArabidopsisAT2G28290 (SYD)
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817375]
identity=41; qcov=0.846; evalue=3.15e-65; confidence=medium
RiceOs06g0255200 (P0592E11.17-2)
-
identity=50; qcov=0.365; evalue=5.82e-36; confidence=low
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018606

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057803302.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057803302.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057803302.1
4 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057803302.1
5 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057803302.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:26804078 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B11,B78,B80,C40
Chr3:26804657 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B2,B59,B72,B80,B98
Chr3:26804741 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A24,B46,D3
Chr3:26804958 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947319.1
CTCGGTTCCTAATTAACAAGCGCAATTCTGATAATTTGAAACCCCCAATTTGGAAACCCTCGTCTCTTCCATCGCTCCATCATCTCCTCCGACACTGCATCGGCGGACTTCTGCACCCACCAACCGTCACTCTGGCCCTAGTGTAGGGGGCCGTCAAATTTATCAGGGCTTCAAGACCATCTGGAAATTGATGTTCACGGCTGTGAGATGGCTAATCCTCAGAACGTTGAGCTGGAAGCAGCCAAGTTTCTGCATAAACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018606
ATGGCTAATCCTCAGAACGTTGAGCTGGAAGCAGCCAAGTTTCTGCATAAACTCATCCAGGAGTCTAAAGACGAGCCTTCCAAATTGGCTACAAAGCTTTATGTGATTTTGCAGCACATGAGGTCTAGTGGGAAAGAAAATTCCATGCCTTATCAAGTCATATCGAGGGCAATGGAAACAGTAATCAAAGAACACAATCTTGATATCGAAACTTTAATGTCGTCACGCCTGCCTCTGGCAGCTGGAACTCAAGTTGGAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803302.1
MANPQNVELEAAKFLHKLIQESKDEPSKLATKLYVILQHMRSSGKENSMPYQVISRAMETVIKEHNLDIETLMSSRLPLAAGTQVGDTAASQQLAGSSQRVGTAKDSKSGNEIETPETYASTRTPSGPVSGGQDMYQGSTAHIGGVGVKVHGVPPGAPGSYLTADSTNRMQFGNSSFDGQGLAAKMSKDRSVEAFGDHSAGKIAGKTLDHGGSSLVTNANMSSFQASLAEQNLTRTAGSRDTGKSPAPQASNAGLPFKEQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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