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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G001989

染色体: Chr03 坐标: 29168575-29170513 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G001989
名称SmilChr03G001989
描述uncharacterized SmilChr03G001989
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向29168575 - 29170513 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018625
GeneID131018625
locus_tag-
NCBI NameLOC131018625
原始查询LOC131018625

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018625

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057803324.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057803324.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057803324.1
4 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057803324.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803324.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:29168583 GT G 1bp_deletion frameshift_variant 27 A11,A14,A2,A20,A21,A23,A3,A7,B108,B115,B125,B129,B130,B138,B18,B52,B59,B6,B62,B66,B70,B93,C31,C53,C55,C67,C69
Chr3:29168586 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B59,B98,D10
Chr3:29168601 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B39,B46,B6,C67
Chr3:29168642 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 15 A24,B107,B128,B134,B24,B37,B41,B62,B7,C11,C16,C49,C66,C69,C71
Chr3:29168667 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 35 A1,A19,A2,A25,B113,B114,B115,B120,B121,B124,B126,B16,B26,B37,B40,B49,B6,B60,B72,B77,B78,B86,C10,C21,C33,C46,C50,C53,C56,C63,C65,C69,C73,C78,D3
Chr3:29168685 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 21 A10,A4,A9,B105,B109,B114,B117,B120,B3,B30,B59,B65,B85,B92,C30,C34,C54,C56,C6,C65,C77
Chr3:29168687 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B32,D10
Chr3:29168706 G GAC 2bp_insertion frameshift_variant 37 A1,A10,A16,A24,A9,B109,B120,B134,B135,B17,B24,B3,B30,B37,B41,B57,B62,B65,B67,B7,B85,B92,C16,C30,C32,C34,C49,C56,C62,C63,C68,C69,C71,C76,C79,C8,C81
Chr3:29168711 T TCC 2bp_insertion frameshift_variant 126 A13,A14,A16,A18,A19,A20,A23,A25,A4,A5,A6,A7,A8,B10,B101,B103,B105,B107,B109,B110,B111,B113,B114,B118,B119,B121,B124,B125,B127,B128,B13,B131,B133,B134,B136,B137,B138,B139,B15,B16,B2,B22,B23,B24,B25,B26,B27,B3,B32,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B40,B42,B43,B44,B45,B49,B5,B52,B54,B6,B61,B62,B63,B71,B72,B75,B77,B79,B8,B80,B81,B83,B84,B86,B87,B88,B9,B90,B91,B92,B95,B98,C14,C19,C2,C20,C22,C25,C26,C28,C29,C34,C36,C37,C39,C40,C43,C5,C50,C51,C53,C54,C55,C6,C65,C67,C70,C72,C73,C74,C77,C79,C82,C84,C85,C87,C9,D4,D6,D7,D8
Chr3:29168730 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B32,D10
Chr3:29168759 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B102,B35,C3,C74
Chr3:29168776 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B123,C30

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947341.1
ATGGATGAGATCAAGACGTTATTTAAGCAGCTGACAACTACCTTGATCATGAAGGAGAAAAAAGTGGCCGTTCGAGAATGTGTCATTTGCATGGCTGTTACTCATGCCACTGACCAGTGTCCAACTCTTTATGAAGAAGAAGTGAATGCCATAGGAGGACACCATGGAAGAGGCAACAATGGGAACAGGAACTATGATCCTAATGCCCAAACTTATAACCCAGGATGGAGGAATCAAGAGAATTTCAGGTTGAATAACAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018625
ATGGATGAGATCAAGACGTTATTTAAGCAGCTGACAACTACCTTGATCATGAAGGAGAAAAAAGTGGCCGTTCGAGAATGTGTCATTTGCATGGCTGTTACTCATGCCACTGACCAGTGTCCAACTCTTTATGAAGAAGAAGTGAATGCCATAGGAGGACACCATGGAAGAGGCAACAATGGGAACAGGAACTATGATCCTAATGCCCAAACTTATAACCCAGGATGGAGGAATCAAGAGAATTTCAGGTTGAATAACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803324.1
MDEIKTLFKQLTTTLIMKEKKVAVRECVICMAVTHATDQCPTLYEEEVNAIGGHHGRGNNGNRNYDPNAQTYNPGWRNQENFRLNNNNHQGAGQPQHQQQNKGPSLTDMVQTILCETTQNLDKYRQEQTKLAHLSTAVAQMQRRQGELPPKVEVHETQVNAVSLRSGKPLPEKVFMPSEDILTKKGKSVAKKAVEIQSDISTKKDEEENDQTIESLEDGVEDKGGQDEEREARGDEEPKYIKPNPPKIKPPFPAVLKRKI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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