Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002016`

染色体: Chr03 坐标: 30095714-30096175 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002016`
名称	SmilChr03G002016
描述	uncharacterized mitochondrial protein AtMg00310-like
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	30095714 - 30096175 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018636`
GeneID	`131018636`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018636`
原始查询	`LOC131018636`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030]; symbol=AT4G29090; hit=AT4G29090; species=arabidopsis; confidence=low
产物	Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030]; symbol=AT4G29090; hit=AT4G29090; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT4G29090` (AT4G29090) Ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829030] identity=37; qcov=1.01; evalue=2.93e-20; confidence=low
Rice	`Os06g0484800` - identity=40; qcov=0.523; evalue=4.49e-13; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018636

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057803334.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057803334.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057803334.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803334.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803334.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:30095715`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B42,C28,C61,C64
`Chr3:30095730`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B123
`Chr3:30095753`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	8	A4,B105,B114,B22,B23,B75,C54,C65
`Chr3:30095857`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B106,B33,B42,B43,C64
`Chr3:30095870`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A13,B1,C60,C64
`Chr3:30095894`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	C30
`Chr3:30095894`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	1	C30
`Chr3:30095898`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	28	A13,A16,A20,A22,B108,B20,B34,B39,B51,B55,B59,B61,B62,B68,B86,B96,C1,C15,C36,C39,C62,C63,C64,C67,C80,C86,D6,D7
`Chr3:30095942`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	115	A11,A13,A18,A19,A21,A22,A6,B1,B10,B100,B101,B102,B103,B105,B106,B110,B111,B112,B113,B117,B120,B122,B123,B126,B127,B128,B131,B132,B134,B136,B137,B138,B140,B17,B20,B21,B29,B30,B35,B36,B37,B38,B39,B40,B50,B52,B55,B56,B58,B59,B60,B64,B68,B70,B73,B79,B83,B85,B86,B89,B9,B95,B96,B98,B99,C1,C12,C13,C14,C15,C16,C18,C2,C20,C23,C24,C25,C27,C28,C29,C3,C31,C32,C37,C4,C40,C43,C45,C46,C48,C5,C50,C51,C52,C55,C57,C58,C59,C61,C64,C65,C68,C72,C74,C75,C79,C80,C82,C83,C87,C9,D2,D3,D4,D9
`Chr3:30095943`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B38,B39
`Chr3:30095943`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B38,B39
`Chr3:30095953`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B29,B68,C80,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947351.1
ATGGATAAAGGAGATGGAGGTTTGGGTTTCAGAGATATAACTCCTTTTAATAAAGCTTTGCTTGCTAAACAAGCTTGGAGGTTGCTCACTAATGAGTTCTCGTTTATTGCTCGTTCTCTTAAAGCACGTTACTACCCACGTAAGGATTTTCTTCTTGCTAGAAATGCTCATAATCCATCGTTTGTCTGGAAAAGCATTCTAGGGCGAGAATTACTTGAGGCTGGTGTGGCTTGGAAGATTGGCAATGGCGAGCGTATACG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018636
ATGGATAAAGGAGATGGAGGTTTGGGTTTCAGAGATATAACTCCTTTTAATAAAGCTTTGCTTGCTAAACAAGCTTGGAGGTTGCTCACTAATGAGTTCTCGTTTATTGCTCGTTCTCTTAAAGCACGTTACTACCCACGTAAGGATTTTCTTCTTGCTAGAAATGCTCATAATCCATCGTTTGTCTGGAAAAGCATTCTAGGGCGAGAATTACTTGAGGCTGGTGTGGCTTGGAAGATTGGCAATGGCGAGCGTATACG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803334.1
MDKGDGGLGFRDITPFNKALLAKQAWRLLTNEFSFIARSLKARYYPRKDFLLARNAHNPSFVWKSILGRELLEAGVAWKIGNGERIRIGTDPWLPKGNGLFEVVKVADEAKYLNVKSLLDDDGSSWDLRNLEETLNGDDRWRVMAQLRSSPHD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器