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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002019`

染色体: Chr03 坐标: 30221594-30224145 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002019`
名称	SmilChr03G002019
描述	uncharacterized SmilChr03G002019
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	30221594 - 30224145 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018638`
GeneID	`131018638`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018638`
原始查询	`LOC131018638`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`ATMG00860` - identity=39.6; qcov=0.148; evalue=5.7e-18; confidence=weak
Rice	`Os08g0202300` - identity=36.4; qcov=0.471; evalue=4.1e-60; confidence=medium
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0015074 (DNA integration)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF00665 (rve); PF17919 (RT_RNaseH_2)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018638

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057803336.1`
2	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057803336.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057803336.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803336.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803336.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:30221601`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B33,C52,C79,C81
`Chr3:30221637`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B131,B51,C62,C76
`Chr3:30221642`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B18,B73
`Chr3:30221668`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B106,C36,C7
`Chr3:30221674`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B98,C35
`Chr3:30221675`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A16,C15,C6
`Chr3:30221685`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr3:30221691`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A2,A5,B1,B107,D11
`Chr3:30221699`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,B128
`Chr3:30221707`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B69,B89
`Chr3:30221708`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B75
`Chr3:30221735`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803336.1

648 aa

324

648

RVT_1

RT_RNaseH_2

rve

PF00078 RVT_1 2-151 aa PF17919 RT_RNaseH_2 215-279 aa PF00665 rve 349-442 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803336.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	2	151	3.8e-28	99.4	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057803336.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	215	279	1.5e-12	48.2	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057803336.1`	Pfam	`PF00665`	rve	Domain	349	442	2.1e-13	51.1	Integrase core domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947353.1
TGGTGCCCAAGAAGGGGGGAATCACGGTTGTCCTGAATGACAACAAGGAGCTGGTGCCGACCCGCCCGGTCACGGGTTGGCGTATGTGTATTGACTACAGGAAGCTAAACGCCGTGACAAAGAAGGATCATTTCCCTCTTCCTTTCATTGATCAAATGTTGGATCGTTTAGCTGGTCATGATTTTTACTGTTTTCTTGATGGTTTGTCAGGTTATTACCAAATAGCAATCGCGCCGGAGGACCAGGACAAGACGGCGTTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018638
ATGTGTATTGACTACAGGAAGCTAAACGCCGTGACAAAGAAGGATCATTTCCCTCTTCCTTTCATTGATCAAATGTTGGATCGTTTAGCTGGTCATGATTTTTACTGTTTTCTTGATGGTTTGTCAGGTTATTACCAAATAGCAATCGCGCCGGAGGACCAGGACAAGACGGCGTTCACAACCCCTTTTGGTACCTTTGCGTGGAAGAGGATGCCTTTTGGGCTGTGCAATGCACCGGGGACCTTCCAACGGTGCATGAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803336.1
MCIDYRKLNAVTKKDHFPLPFIDQMLDRLAGHDFYCFLDGLSGYYQIAIAPEDQDKTAFTTPFGTFAWKRMPFGLCNAPGTFQRCMMSIFAEMIGDFVEIFMDDFSVFGNSYSDCLGKINLVLKRCIESGLTLSWEKSHFMVTSGIVLGHVVSKDGIEVDRAKVEVIEKLPPPIDVKGIRSFLGHAGFYRRFIKDFSKIAQPLCRLLAQDVDFDFNETCMHAFELLKLKLSTAPVVVAPDWSLPFEIMCDASNSAVGAVL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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