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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002099

染色体: Chr03 坐标: 32449626-32450876 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002099
名称SmilChr03G002099
描述uncharacterized SmilChr03G002099
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向32449626 - 32450876 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018664
GeneID131018664
locus_tag-
NCBI NameLOC131018664
原始查询LOC131018664

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os04g0590366; species=rice; confidence=low
产物hit=Os04g0590366; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT5G27260 (AT5G27260)
Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832784]
identity=23.1; qcov=0.997; evalue=2.38e-09; confidence=weak
RiceOs04g0590366
-
identity=31.2; qcov=0.502; evalue=8.16e-20; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018664

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803362.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803362.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803362.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803362.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057803362.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:32449651 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C53
Chr3:32449652 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B59
Chr3:32449652 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr3:32449678 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:32449698 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B122,B40,C51,C52
Chr3:32449731 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C15
Chr3:32449739 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr3:32449748 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B98,C13,C20,C3
Chr3:32449765 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B135,B14,C60,C82,D1
Chr3:32449781 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B129,B140,B85,B91
Chr3:32449781 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,B140,B85,B91
Chr3:32449805 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 25 A10,A15,A19,A3,B11,B111,B117,B119,B120,B123,B131,B139,B28,B30,B4,B48,B89,B99,C21,C32,C38,C68,D3,D5,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947379.1
ATGAATTCGGAGCAACAAGAGAGCAGTGAGGCGGTCTCTGCCCGTGTCAACAAAACAGATAAGACTCGCCGGACTTGGGCTATCAAAGAAGAGGAGACTCTCCTTAGCTCGTTGAAGGAATTAGTTGCTCAAGGCTGGAAGTCAGATAACGGCTTCAGAGGAGGTTATCTTCATAAGCTCGAGGAAGCGATGAGGCGCGTGTACCCAGGCACAGACTTGAAAGGAGTTCCACACATCAATTCAAAGTTATCTGCCTGGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018664
ATGAATTCGGAGCAACAAGAGAGCAGTGAGGCGGTCTCTGCCCGTGTCAACAAAACAGATAAGACTCGCCGGACTTGGGCTATCAAAGAAGAGGAGACTCTCCTTAGCTCGTTGAAGGAATTAGTTGCTCAAGGCTGGAAGTCAGATAACGGCTTCAGAGGAGGTTATCTTCATAAGCTCGAGGAAGCGATGAGGCGCGTGTACCCAGGCACAGACTTGAAAGGAGTTCCACACATCAATTCAAAGTTATCTGCCTGGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803362.1
MNSEQQESSEAVSARVNKTDKTRRTWAIKEEETLLSSLKELVAQGWKSDNGFRGGYLHKLEEAMRRVYPGTDLKGVPHINSKLSAWKKNYNSLLGILRVTGAGFNVHGNHMVDVTDEQWADIMKKDVNARGMRYKSWPMLDAWKEVFGKNRATGDNAEDLMDVVTDMYRSGNAALNTPAGSYHVNVEDVLENDVVEESARQCIQSEGTTSGAKKKRKQRDESASLMEFMGEISRNTAQRLEMLANRTGYEFDLAQARKAV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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