Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002103`

染色体: Chr03 坐标: 32589562-32593681 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002103`
名称	SmilChr03G002103
描述	uncharacterized SmilChr03G002103
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	32589562 - 32593681 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018665`
GeneID	`131018665`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018665`
原始查询	`LOC131018665`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G43760` (AT1G43760) DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968] identity=28.8; qcov=0.315; evalue=1.13e-48; confidence=low
Rice	`Os06g0484800` - identity=29.6; qcov=0.644; evalue=5.08e-110; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3); PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018665

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057803363.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057803363.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057803363.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803363.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803363.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:32589618`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C22
`Chr3:32589652`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:32589680`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A1,C16
`Chr3:32589696`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	A15,B123,B89,C21
`Chr3:32589696`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A15,B123,B89,C21
`Chr3:32589699`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B114
`Chr3:32589731`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr3:32589836`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C16
`Chr3:32589839`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B139,B64,C80,D2
`Chr3:32589841`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	D10
`Chr3:32589841`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	D10
`Chr3:32589862`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803363.1

1288 aa

644

1288

RVT_1

zf-RVT

RVT_3

PF00078 RVT_1 496-757 aa PF13966 zf-RVT 1013-1087 aa PF13456 RVT_3 1137-1256 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803363.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	496	757	3.5e-31	109.4	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057803363.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	1013	1087	2.2e-13	51.4	zinc-binding in reverse transcriptase
`XP_057803363.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	1137	1256	9.7e-16	58.5	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947380.1
ATGGTTTGGAACGTCCGCGGCCTCACGGACGAATCTAAACTGCTGCTAAAGGAGCACTGTCGCTCATTCTCTCCGTTAATTTTGGGTATTGTTGAGCCTAAAGCTGCGTTTCACAAAACGTTTAACAGATACTGGAAGTCGCTAAATCTCATTCCTTGTTTTCAAAACTCGAGATTGAATATGTGCTCTAACATTTGGATTTTTTCACAGCCTGACGTTTGCAATAACGTGATTTATGCTTCGGATCAGGTTGTTATCTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018665
ATGGTTTGGAACGTCCGCGGCCTCACGGACGAATCTAAACTGCTGCTAAAGGAGCACTGTCGCTCATTCTCTCCGTTAATTTTGGGTATTGTTGAGCCTAAAGCTGCGTTTCACAAAACGTTTAACAGATACTGGAAGTCGCTAAATCTCATTCCTTGTTTTCAAAACTCGAGATTGAATATGTGCTCTAACATTTGGATTTTTTCACAGCCTGACGTTTGCAATAACGTGATTTATGCTTCGGATCAGGTTGTTATCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803363.1
MVWNVRGLTDESKLLLKEHCRSFSPLILGIVEPKAAFHKTFNRYWKSLNLIPCFQNSRLNMCSNIWIFSQPDVCNNVIYASDQVVILDCVWRSHFFKVAVVHGASTYVARRKLWMDILSFATAKYVILGNFNAVKGAHERSSNCRPNAASCEEFCAFIDSLGCIESPTVGLKYTWSGRRFMPSHVESTLDRAFFSNSFAEDWHTIFTQVLPRATSDHSPILLMCQSVPLPSCRFFRFLDMWTLHPDFLEMVKQSWSKNLD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器