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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002114

染色体: Chr03 坐标: 32887408-32889357 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002114
名称SmilChr03G002114
描述uncharacterized SmilChr03G002114
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向32887408 - 32889357 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018669
GeneID131018669
locus_tag-
NCBI NameLOC131018669
原始查询LOC131018669

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
ArabidopsisAT2G06105 (AT2G06105)
aspartyl protease gag-polyprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717693]
identity=37.5; qcov=0.128; evalue=3.75e-06; confidence=weak
RiceOs12g0292200
-
identity=43.6; qcov=0.167; evalue=3.21e-17; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018669

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057803366.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057803366.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057803366.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803366.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803366.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:32887436 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B64,D7
Chr3:32887475 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr3:32887490 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B48,D5
Chr3:32887516 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr3:32887690 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B118,B121,B124,B8,C8
Chr3:32887963 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B54,B86
Chr3:32887963 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B54,B86
Chr3:32888008 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B113,B131,B4,B99
Chr3:32888272 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr3:32888327 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B54,B86
Chr3:32888419 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 26 A19,B10,B102,B111,B113,B118,B127,B131,B138,B37,B4,B67,B75,B79,B94,B95,B97,B99,C40,C43,C44,C46,C53,C64,C82,D11
Chr3:32888608 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947383.1
ATGGAGACATTCTATAATGGTCTCAATGGTCCTACTCGTATGGTGTTGGATGCTTCAGCAAATGGTGCTATTCTTTCTAAGTCGTATGATGAGGCTTATGAGATTCTAGAGAGAATTGCTACTAACAATTATCAATGGTCTAATTCAAGAGCTCCAATGGGTAAAAAGATAGCAGGAGTACTTGAAGTTGATGCTTTGACAGCCTTGTCAGCTCAAGTAGCATCAATGAGCAACATGTTGAAGATTCTTAGTGTTGGGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018669
ATGGAGACATTCTATAATGGTCTCAATGGTCCTACTCGTATGGTGTTGGATGCTTCAGCAAATGGTGCTATTCTTTCTAAGTCGTATGATGAGGCTTATGAGATTCTAGAGAGAATTGCTACTAACAATTATCAATGGTCTAATTCAAGAGCTCCAATGGGTAAAAAGATAGCAGGAGTACTTGAAGTTGATGCTTTGACAGCCTTGTCAGCTCAAGTAGCATCAATGAGCAACATGTTGAAGATTCTTAGTGTTGGGAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803366.1
METFYNGLNGPTRMVLDASANGAILSKSYDEAYEILERIATNNYQWSNSRAPMGKKIAGVLEVDALTALSAQVASMSNMLKILSVGSKPPQAPVVTSQAPVSDQGTSSNGGKMQAKATYPPGFQQQQRPPQATQTNYLETLLKEYMAKNDDVIQSQGASLRNLEVQMGQLANEIRTRAQDLNEDKLKRKSEPTSIQKDVEKGDEAGNSKLTNADSGTNPSAFSQQTAAEQSHVKPPPPFPQRFQKKQDDAQFRRFWDVLK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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