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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002137

染色体: Chr03 坐标: 33276009-33278964 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002137
名称SmilChr03G002137
描述mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1-like
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向33276009 - 33278964 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018676
GeneID131018676
locus_tag-
NCBI NameLOC131018676
原始查询LOC131018676

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1-like
产物mitotic checkpoint serine/threonine-protein kinase BUB1-like
ArabidopsisAT2G20635 (AT2G20635)
protein kinase and Mad3-BUB1-I domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816591]
identity=42.2; qcov=0.682; evalue=9.16e-30; confidence=medium
RiceOs07g0508500 (BRK1)
-
identity=33.8; qcov=0.672; evalue=4.8e-22; confidence=low
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation); GO:0007094 (mitotic spindle assembly checkpoint signaling); GO:0051754 (meiotic sister chromatid cohesion, centromeric)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018676

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803373.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057803373.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803373.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803373.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803373.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:33277074 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B20,B5,B64
Chr3:33277443 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B69,C14,C57,C66
Chr3:33277451 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr3:33277469 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,B71
Chr3:33277474 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B39
Chr3:33277479 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,B74
Chr3:33277495 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,B109,C82
Chr3:33277790 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B42,B43,C50
Chr3:33277803 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A15
Chr3:33277990 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B85
Chr3:33278055 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,C38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947390.1
TTTCGAAACTAAGTTTCCTATCCCATCTCTTTTCTATTGATGATAGTGTAAGAAAGATATCAGAACTTAACATCTATCATTGAGCTTGCCATGGCTATCTTGTTCATCTATTTATGACAATAGTGGGCTAAGGTTTTTCCCATATTCTGTGTGTATGCTATTTGTTCATCTATTTGAAAGAATTGAAGACAAGGTTTACCTTGAAGTCTGGTAGAGTAATGAATGAAGGCCCTCTTACTTTTCGGCTGTTGAAGTATTAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018676
ATGGATGGTAGCTCAGATTATGAAAGAGTTTTTAAGGAAATAGAGGAGCACAGGATTTGCATACGCAAAGCGCTGCTTTATGAATCATTTGCTTTGTTTCTGGAAGCAAAAGGCAGACTGATAGATGCTTGTATGATTTATCATCTTGGCATCTCAAGAAATGCTGAGCCACTGGGGAGACTAAAAAAAGCTCAGGTTCTATTTCTCGAGAGAATGTCTGAAAGAGTAACTAATGGATCATTTCAAAAGATGAAAAATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803373.1
MDGSSDYERVFKEIEEHRICIRKALLYESFALFLEAKGRLIDACMIYHLGISRNAEPLGRLKKAQVLFLERMSERVTNGSFQKMKNDISVEDGENFINPWSVSTLKNLLQKMNSKVVEYEDAMNCNVVTGGSMDEVLCIYYTIEMLQILETLHGAAMIHGDFKPDNLLIRYSRLTAYLAPVAMLLSMRQLEECVMNLW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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