Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001527

染色体: Chr01 坐标: 29249616-29255037 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001527
名称SmilChr01G001527
描述uncharacterized SmilChr01G001527
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向29249616 - 29255037 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018690
GeneID131018690
locus_tag-
NCBI NameLOC131018690
原始查询LOC131018690

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述C-jun-amino-terminal kinase-interacting protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840609]; symbol=AT1G36990; hit=AT1G36990; species=arabidopsis; confidence=low
产物C-jun-amino-terminal kinase-interacting protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840609]; symbol=AT1G36990; hit=AT1G36990; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT1G36990 (AT1G36990)
C-jun-amino-terminal kinase-interacting protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840609]
identity=33.3; qcov=1.04; evalue=3.49e-55; confidence=low
RiceOs04g0448200
-
identity=31.5; qcov=0.81; evalue=1.06e-24; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018690

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057803389.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057803389.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057803389.1
4 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057803389.1
5 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057803389.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:29250419 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D5
Chr1:29250641 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B36,C36,C60
Chr1:29253112 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B132,B45,C31,C37
Chr1:29253447 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B117

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947406.1
AAATAAGGCTATACAACTGACTTTCTTCGCATTTAGCAAAGCTATTAAAACTCAGACGGAGAGAAACACAAACTTCCTCAAAATACCAACGCATATATACATACAAAAATCTCTCTCGTCAACTTTTCACAGATTTAATCTCTGCTCATCCATCACACTTTGCTGCGCAGTTTAGCATAAGAGGGAGAAATTAGGCGTTACTTGTTTTCTTCTCTAGCAAAAAAATTTCACCGATTAACATATTTGCTTGCTGACTCTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018690
ATGGAAAGAAGTGAGCCCACATTAGTACCAGAATGGTTGAAAAATGCTGGAAGTCTGAATGGTGGCAACTCTGTATCAAATTCAGATGATCAAACTTCATTGAAGCTTGCAAGAAATAAGTCATTTGTGAATAGTAATGGTAATGATTTTGGACGATCTTTTAGTTCTGACAGAACCACCTCTTTATATTTCCGCCGAAGTTCTAGTAGTAATGGTTCTGGTCATCTGAGGTCTCACAATAGTTTTGGCAAGCAACATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803389.1
MERSEPTLVPEWLKNAGSLNGGNSVSNSDDQTSLKLARNKSFVNSNGNDFGRSFSSDRTTSLYFRRSSSSNGSGHLRSHNSFGKQHDRDWERERNTYDSRDREKSIMGDRRWRDSSDGSGAVSLGKSERDGFRRSHSMVSGNNVDTRHKKVVTDLSTTIGTKANDLLIKSSSIGGVKKTFLEKDFPSLGSEERTVIPEVGRVPSPGLSSAIQGLPLGSSTIVSGEKWTSALAEVPVLVGSNSNGISPPQQAGTTSSVNVA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器