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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G001534

染色体: Chr01 坐标: 29370413-29373631 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G001534
名称SmilChr01G001534
描述uncharacterized SmilChr01G001534
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向29370413 - 29373631 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018724
GeneID131018724
locus_tag-
NCBI NameLOC131018724
原始查询LOC131018724

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述OsGPCR; symbol=OsGPCR; hit=Os11g0546100; species=rice; confidence=high
产物OsGPCR; symbol=OsGPCR; hit=Os11g0546100; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT2G01070 (AT2G01070)
Lung seven transmembrane receptor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814637]
identity=65.8; qcov=0.942; evalue=0; confidence=high
RiceOs11g0546100 (OsGPCR)
-
identity=67.1; qcov=0.955; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0006810 (transport); GO:0016020 (membrane)
KEGG-
PfamPF06814 (GOST_TM)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018724

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057803418.1
2 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.80000 XP_057803418.1
3 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.40000 XP_057803418.1
4 Secretory vesicle Secretory vesicle 0.20000 XP_057803418.1
5 Endosome 内体 0.20000 XP_057803418.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:29370844 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C10,C79
Chr1:29371163 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C33,C46
Chr1:29371971 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B63
Chr1:29372288 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C10
Chr1:29372288 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 C10
Chr1:29372559 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C49
Chr1:29372611 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B58,B95,C51
Chr1:29372651 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr1:29372715 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B29,C66
Chr1:29373281 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B28
Chr1:29373314 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803418.1
515 aa
N
1
258
515
GOST_TM
C
PF06814 GOST_TM 216-460 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803418.1 Pfam PF06814 GOST_TM Domain 216 460 9e-89 298.0 GOST, seven transmembrane domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947435.1
AAGATCCTCACGTGCGTAGCATGCGCGTGGCACGCACGCCTACACTGATACTGAAGTCTTACTTGCTGCATCACCACTCCACCTAGCCACCAAATTCTCCCCGCCGATCTCTCCCCATCTCCCCTCTTTCTCTCTCTACAATCCCCGGGTATTCCTCCCCTGTATCTCTCCCCCATGGGCCTCGCCAGCAGCCCTTCGGATCAATGCTGCGCCGCCATTCTCAAATCTTTCGTATTCTTTGTACTAATATCAGCCGTTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018724
ATGGGCCTCGCCAGCAGCCCTTCGGATCAATGCTGCGCCGCCATTCTCAAATCTTTCGTATTCTTTGTACTAATATCAGCCGTTGGATTCACTGAAGCCTCGATTCACATCTACCACCGAGATCCATTCCGAGAAGTCGGCACCGCTTATCTCCTCTCCGGCGGCAGCGAAGGCATCGCCGCCTCCGCCGCCCAGCACGCCCGCTCTTACATCCGATTCGAGAACATAACTTTCTGGAGGAGTAAAGAAGCTGCTGAGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803418.1
MGLASSPSDQCCAAILKSFVFFVLISAVGFTEASIHIYHRDPFREVGTAYLLSGGSEGIAASAAQHARSYIRFENITFWRSKEAAEHRPALAYNGGLVQVVIFEAADRDNIGGSPYGGQRSICCTPDLAKLEGCKQGEVIRTPSAADRNWPVVISVYFRGNMLSAHMKKNKEVNIKSTGMYNLFFITCDPKLKGLRVTGRTVWRNPTGFLPGRMAPLMKFYVFMSLAYAILCGIWVFQYVRHWNDVLLLQHCITSVIALG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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