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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002300

染色体: Chr03 坐标: 36218470-36218878 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002300
名称SmilChr03G002300
描述uncharacterized SmilChr03G002300
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向36218470 - 36218878 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018726
GeneID131018726
locus_tag-
NCBI NameLOC131018726
原始查询LOC131018726

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述transmembrane protein, putative (Protein of unknown function, DUF538) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819935]; symbol=AT3G07470; hit=AT3G07470; species=arabidopsis; confidence=low
产物transmembrane protein, putative (Protein of unknown function, DUF538) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819935]; symbol=AT3G07470; hit=AT3G07470; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT3G07470 (AT3G07470)
transmembrane protein, putative (Protein of unknown function, DUF538) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819935]
identity=40; qcov=1.03; evalue=4.26e-18; confidence=low
RiceOs01g0913100
-
identity=32.5; qcov=1.02; evalue=5.25e-13; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018726

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057803417.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.40000 XP_057803417.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057803417.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803417.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803417.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:36218486 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B133,B57,B7,B72,C62
Chr3:36218490 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B128,C20,C24
Chr3:36218501 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr3:36218544 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B53,B97,C14,C20
Chr3:36218568 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B89
Chr3:36218576 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B128,C20,C24
Chr3:36218616 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B117,B126,B26,D4
Chr3:36218726 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B59
Chr3:36218726 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr3:36218729 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr3:36218738 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr3:36218739 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,A3,B59,C4,C41

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947434.1
ATGGCGGAAGAAAATTCGCACCCCAAATCAGCGCAGCTGGTGACGTTTTACGACATCCTAAGCTCCCACGGCCTCCCCATCGGCATATTCCCCAAAAGCATCTCCGGTTTCTCCGTCGACCCCATGCGACACCGTGTTCGAGACCCGCCTCCGGATTTGTTTCTATCGCTCCCGGCGAAGGGAATTCAGGTAGATATTCCGAGCTCTGGGTTGATTTACTTCGACGTGGAGGTGGTTTTCAAGCAGTTCTCCCTCTCGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018726
ATGGCGGAAGAAAATTCGCACCCCAAATCAGCGCAGCTGGTGACGTTTTACGACATCCTAAGCTCCCACGGCCTCCCCATCGGCATATTCCCCAAAAGCATCTCCGGTTTCTCCGTCGACCCCATGCGACACCGTGTTCGAGACCCGCCTCCGGATTTGTTTCTATCGCTCCCGGCGAAGGGAATTCAGGTAGATATTCCGAGCTCTGGGTTGATTTACTTCGACGTGGAGGTGGTTTTCAAGCAGTTCTCCCTCTCGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803417.1
MAEENSHPKSAQLVTFYDILSSHGLPIGIFPKSISGFSVDPMRHRVRDPPPDLFLSLPAKGIQVDIPSSGLIYFDVEVVFKQFSLSLFDTLKNCSSAEDVDGYGDLLKIPQV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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