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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002343`

染色体: Chr03 坐标: 36936490-36938721 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002343`
名称	SmilChr03G002343
描述	uncharacterized SmilChr03G002343
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	36936490 - 36938721 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018738`
GeneID	`131018738`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018738`
原始查询	`LOC131018738`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os11g0656500; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os11g0656500; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os11g0656500` - identity=25.5; qcov=0.258; evalue=1.01e-09; confidence=weak
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00098 (zf-CCHC); PF14223 (Retrotran_gag_2); PF22936 (Pol_BBD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018738

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057803428.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057803428.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803428.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803428.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057803428.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:36936499`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A24,B108,B14,B26,B78
`Chr3:36936545`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B104,B112,B59,C69
`Chr3:36936548`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B109,B117,B14,C23,D10
`Chr3:36936563`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B20,B28,B36,C13,C7
`Chr3:36936593`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136
`Chr3:36936613`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,B10,B115,C42
`Chr3:36936617`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	57	A13,A21,A24,A4,A8,B102,B106,B111,B114,B2,B26,B27,B28,B29,B3,B41,B45,B47,B48,B51,B55,B61,B62,B66,B69,B72,B86,B94,B96,C1,C16,C17,C21,C26,C29,C32,C34,C38,C41,C44,C56,C58,C60,C62,C63,C66,C67,C74,C76,C80,C85,C86,C87,D3,D6,D7,D9
`Chr3:36936635`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C67
`Chr3:36936640`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	A10,B75,C71,D3
`Chr3:36936640`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	4	A10,B75,C71,D3
`Chr3:36936685`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B46,C83,D3
`Chr3:36936700`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B4,B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803428.1

743 aa

372

743

Retrotran_gag_2

zf-CCHC

Pol_BBD

PF14223 Retrotran_gag_2 71-216 aa PF00098 zf-CCHC 313-328 aa PF22936 Pol_BBD 702-743 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803428.1`	Pfam	`PF14223`	Retrotran_gag_2	Domain	71	216	2.1e-23	83.7	gag-polypeptide of LTR copia-type
`XP_057803428.1`	Pfam	`PF00098`	zf-CCHC	Domain	313	328	0.00014	22.5	Zinc knuckle
`XP_057803428.1`	Pfam	`PF22936`	Pol_BBD	Domain	702	743	1.5e-08	35.5	Pol polyprotein, beta-barrel domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947445.1
ATGGATTTGTCAAGTGTGTCGGCTCGGCCTCCTACTCTTGATAGTAGTAGCAAGAACTACAACTTGTGGAAAACTAGGATGAAAATCTATATCAAATCTATTGATGAACGTGCCTGGGTTGCTGTGTTGGATGGGTGGACTCCACCGCGTACCACTGATGATAATGGAGTTACTTCTCTCACACCCGAGAGTAAATGGTCTGCTGATGAAAGACTCATTTCTAACCATAACTCTAGAGCCTTGAATGTTATCTTTATCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018738
ATGGATTTGTCAAGTGTGTCGGCTCGGCCTCCTACTCTTGATAGTAGTAGCAAGAACTACAACTTGTGGAAAACTAGGATGAAAATCTATATCAAATCTATTGATGAACGTGCCTGGGTTGCTGTGTTGGATGGGTGGACTCCACCGCGTACCACTGATGATAATGGAGTTACTTCTCTCACACCCGAGAGTAAATGGTCTGCTGATGAAAGACTCATTTCTAACCATAACTCTAGAGCCTTGAATGTTATCTTTATCTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803428.1
MDLSSVSARPPTLDSSSKNYNLWKTRMKIYIKSIDERAWVAVLDGWTPPRTTDDNGVTSLTPESKWSADERLISNHNSRALNVIFISVDVPAFRMISNCTEARDAWLILQEQCEGSASVRATKMRMLTTKFEILRMRDDETIYAYYEKLCEISNEAVGLGEPISNERLVSKILRSLPERYNMKISSIEETADVATMRVSDLVSKLLTFEMNLEQQKADHVSKSVAFRVEKIPENSEITNMSECTDVDPEKEDDVNLAMLV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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