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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002379

染色体: Chr03 坐标: 37550049-37551242 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002379
名称SmilChr03G002379
描述uncharacterized SmilChr03G002379
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向37550049 - 37551242 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018746
GeneID131018746
locus_tag-
NCBI NameLOC131018746
原始查询LOC131018746

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018746

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803435.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057803435.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803435.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803435.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803435.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:37550052 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,B122,B47
Chr3:37550056 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B37
Chr3:37550068 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B137,C31,C55
Chr3:37550075 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C81
Chr3:37550106 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 7 C18,C65,C8,C81,D10,D6,D7
Chr3:37550107 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C29
Chr3:37550112 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C81
Chr3:37550114 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C81
Chr3:37550115 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 93 A10,A13,A21,A23,A25,A6,A7,A9,B100,B107,B110,B112,B114,B118,B119,B121,B125,B126,B128,B129,B13,B132,B136,B15,B19,B20,B24,B3,B31,B34,B36,B42,B43,B46,B5,B53,B56,B6,B60,B62,B63,B64,B65,B66,B71,B72,B76,B8,B80,B87,B91,B93,B94,B95,B97,C10,C13,C14,C15,C17,C19,C20,C21,C25,C26,C3,C32,C36,C4,C42,C43,C45,C47,C5,C53,C54,C56,C57,C58,C61,C65,C68,C7,C71,C77,C79,C8,C83,C85,D10,D11,D8,D9
Chr3:37550116 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C81
Chr3:37550136 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B104,C8,D7
Chr3:37550137 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C26,C46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947452.1
ATGCGTCGTACCAGGAGTGCAGGTAACAAAAATCTTTTGTTCAACGCGGAGATTGAGCGACTTGTCCGACTGAACAACGTTAATAGACGCAGGGCAGAACAAGAAGCACAGGCAAGAGAGAGACAGTTAGAAGCGGAGAGAGAGATGGTAGAAAATTCGGGACCAGAGAATGACAACGCCAACAAGACTCTCCGAGACATGATGTTCCCGAACAACTTGAACCTCCGGCCATCAGCCATAGTACTACCAGACATCACTGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018746
ATGCGTCGTACCAGGAGTGCAGGTAACAAAAATCTTTTGTTCAACGCGGAGATTGAGCGACTTGTCCGACTGAACAACGTTAATAGACGCAGGGCAGAACAAGAAGCACAGGCAAGAGAGAGACAGTTAGAAGCGGAGAGAGAGATGGTAGAAAATTCGGGACCAGAGAATGACAACGCCAACAAGACTCTCCGAGACATGATGTTCCCGAACAACTTGAACCTCCGGCCATCAGCCATAGTACTACCAGACATCACTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803435.1
MRRTRSAGNKNLLFNAEIERLVRLNNVNRRRAEQEAQARERQLEAEREMVENSGPENDNANKTLRDMMFPNNLNLRPSAIVLPDITGNWELKHTLIQILPKYSDMPGEDPQRHLQDFEMACGTLRTASQALGEYIRLLTFPLSLLEGAREWLYNLSEGSIRTWQELQSKFLEKYFPAARIQNLRTRISNIKMGSGEILYEYWGRFKQMLAKFPQHQIPDHDVIRYFMGGLRRQDRQWLHAACGGSILNKSAAEAFKLIAN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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