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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002380

染色体: Chr03 坐标: 37551558-37552934 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002380
名称SmilChr03G002380
描述uncharacterized SmilChr03G002380
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向37551558 - 37552934 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018748
GeneID131018748
locus_tag-
NCBI NameLOC131018748
原始查询LOC131018748

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os12g0142900; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs12g0142900
-
identity=33.3; qcov=0.223; evalue=1.21e-06; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018748

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057803436.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057803436.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057803436.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803436.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803436.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:37551560 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B51
Chr3:37551565 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,B8
Chr3:37551567 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B78
Chr3:37551588 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 106 A13,A15,A16,A18,A20,A21,A25,A3,A4,A5,A9,B1,B10,B100,B102,B104,B107,B109,B11,B110,B113,B117,B119,B12,B121,B125,B126,B127,B128,B129,B131,B136,B14,B140,B16,B18,B25,B26,B27,B28,B3,B31,B34,B4,B41,B42,B43,B44,B45,B5,B51,B54,B55,B61,B62,B71,B72,B73,B78,B82,B85,B86,B89,B9,B90,B92,B95,B98,B99,C10,C14,C15,C17,C20,C21,C22,C25,C27,C29,C3,C34,C36,C37,C4,C43,C47,C48,C49,C51,C56,C62,C65,C67,C69,C7,C70,C73,C77,C78,C79,C83,C85,C86,C87,D1,D4
Chr3:37551602 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B8,C33
Chr3:37551605 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 4 B35,B7,C69,C85
Chr3:37551605 GA G 1bp_deletion CDS_variant 4 B35,B7,C69,C85
Chr3:37551616 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B78,B98,C48,C62
Chr3:37551618 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B138,C87
Chr3:37551620 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B70,C82
Chr3:37551644 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr3:37551665 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A21,B12,B28

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947453.1
ATGGGATCAGCAGATGAGGAAGAACTTGCCCAAGAAAGAGAGGTCAAGAAAAAGGCGACAGGGAAGGGAAAAGAGAAATCAAGCCAGACTGAGCCCATAATCCCTTTCCCAGGCAGAATGGCCAAAGAACAAGAGAAGGAAGAACTGATTGAACTGGTGAAAATTTTCAAAAAGGTGGAGGTCAATATGCCCCTTTTGGTCGCGCTACGCTCTATGCCCAGATGCGCGAAATTTCTCAAGGAACTCTGCACTCGGAAGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018748
ATGGGATCAGCAGATGAGGAAGAACTTGCCCAAGAAAGAGAGGTCAAGAAAAAGGCGACAGGGAAGGGAAAAGAGAAATCAAGCCAGACTGAGCCCATAATCCCTTTCCCAGGCAGAATGGCCAAAGAACAAGAGAAGGAAGAACTGATTGAACTGGTGAAAATTTTCAAAAAGGTGGAGGTCAATATGCCCCTTTTGGTCGCGCTACGCTCTATGCCCAGATGCGCGAAATTTCTCAAGGAACTCTGCACTCGGAAGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803436.1
MGSADEEELAQEREVKKKATGKGKEKSSQTEPIIPFPGRMAKEQEKEELIELVKIFKKVEVNMPLLVALRSMPRCAKFLKELCTRKVKYTDDAKFQVGESVSAVLQRDMPIKCGDPGMFYIPCVIGTMKVEKAMLNLGASINVMPLSMYQDLEIGPLKPTRVVIQLADRSNVYPEGILEDVLVKVEELIFPADFYILDMGKSKARDPVMLLGRPFLKTARTRIDCDTGKLTCQFEGETVTFDIYNAMKHPSDTEMVKSVD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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