Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002389`

染色体: Chr03 坐标: 37824093-37830882 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002389`
名称	SmilChr03G002389
描述	uncharacterized SmilChr03G002389
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	37824093 - 37830882 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018753`
GeneID	`131018753`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018753`
原始查询	`LOC131018753`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`ATMG00860` - identity=34.6; qcov=0.11; evalue=5.88e-19; confidence=weak
Rice	`Os04g0191000` - identity=36.5; qcov=0.444; evalue=1.26e-78; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2); PF30901 (PEG10-RTL1_C-capsid)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018753

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057803440.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057803440.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057803440.1`
4	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.40000	`XP_057803440.1`
5	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.40000	`XP_057803440.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:37824095`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C27
`Chr3:37824118`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B61
`Chr3:37824147`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77
`Chr3:37824158`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	124	A1,A13,A14,A2,A20,A21,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A7,A9,B10,B101,B107,B108,B109,B112,B113,B114,B115,B120,B121,B123,B124,B126,B130,B132,B133,B135,B137,B15,B16,B19,B2,B20,B21,B24,B25,B3,B31,B32,B34,B35,B37,B40,B42,B44,B46,B5,B50,B52,B53,B54,B55,B56,B57,B58,B6,B60,B62,B64,B66,B68,B69,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B82,B84,B88,B90,B92,B93,B96,C1,C13,C14,C16,C18,C19,C2,C20,C22,C23,C25,C31,C34,C37,C38,C40,C41,C42,C5,C52,C55,C56,C60,C61,C69,C71,C72,C73,C77,C78,C83,C84,C85,C9,D2,D3,D8,D9
`Chr3:37824189`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B22,B9,C33,C65
`Chr3:37824201`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	9	A13,B105,B42,B43,B71,B74,B97,C14,C50
`Chr3:37824205`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr3:37824217`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B140,B27,B53
`Chr3:37824225`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A22,B117,B83,D4
`Chr3:37824243`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A22,B117,B83,D4
`Chr3:37824263`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,B134,B62,C51
`Chr3:37824279`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B112,B128,C56

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803440.1

1156 aa

578

1156

PEG10_N-capsid

PEG10-RTL1_C-capsid

RVT_1

RT_RNaseH

RT_RNaseH_2

PF03732 PEG10_N-capsid 121-203 aa PF30901 PEG10-RTL1_C-capsid 213-286 aa PF00078 RVT_1 759-829 aa PF00078 RVT_1 830-882 aa PF17917 RT_RNaseH 944-1027 aa PF17919 RT_RNaseH_2 948-997 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803440.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	121	203	1.1e-17	64.8	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
`XP_057803440.1`	Pfam	`PF30901`	PEG10-RTL1_C-capsid	Domain	213	286	4.2e-08	33.8	PEG10/RTL1, C-terminal capsid-like domain
`XP_057803440.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	759	829	1.8e-25	90.7	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057803440.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	830	882	1.8e-25	90.7	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057803440.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	944	1027	1.9e-25	89.8	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057803440.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	948	997	1.6e-12	48.0	RNase H-like domain found in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947457.1
ATGTCCAAACACGACGAACAGGAGTCCCCGTCGGTGGAGCAACCCACCTTGGATCCGAAAACCAAGTTTATCATGGAAGCCTTGCGTTCGGAGTTTGGCAAGATCATGCGATCTGAATTCGAAGGCATTCATGAACGGATGGACCAATTTGAGCAAGCTCATTCCACTTCCACTCGCGGTGAGTTTGGTGGACGTAGAGGCCGCGGAGGTGGCCGTGGTCCGGGAGGGGGGCGCATGCCAGTCCGCCATGTGTACCATCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018753
ATGTCCAAACACGACGAACAGGAGTCCCCGTCGGTGGAGCAACCCACCTTGGATCCGAAAACCAAGTTTATCATGGAAGCCTTGCGTTCGGAGTTTGGCAAGATCATGCGATCTGAATTCGAAGGCATTCATGAACGGATGGACCAATTTGAGCAAGCTCATTCCACTTCCACTCGCGGTGAGTTTGGTGGACGTAGAGGCCGCGGAGGTGGCCGTGGTCCGGGAGGGGGGCGCATGCCAGTCCGCCATGTGTACCATCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803440.1
MSKHDEQESPSVEQPTLDPKTKFIMEALRSEFGKIMRSEFEGIHERMDQFEQAHSTSTRGEFGGRRGRGGGRGPGGGRMPVRHVYHRDEHAEESEYEEDGEGRWRRVNGPNHQDDNISNIKMNIPSFQGKNDPELYLEWEKKVEFLFDCHTYSELKKVKLTAIEFSEYALVWWDQTVTSRIRHGEPPIQTWPEMKAVMRKRFVPNHYYQELFNKLQTLKQGSRSVDEYFKEMEMAMIRANVVEDREATMARFLAGLQWDI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器