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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002400

染色体: Chr03 坐标: 38065515-38065859 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002400
名称SmilChr03G002400
描述uncharacterized SmilChr03G002400
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向38065515 - 38065859 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018760
GeneID131018760
locus_tag-
NCBI NameLOC131018760
原始查询LOC131018760

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018760

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803447.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057803447.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803447.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803447.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057803447.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:38065518 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr3:38065525 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 5 A9,B112,B77,B82,C65
Chr3:38065525 TG T 1bp_deletion CDS_variant 5 A9,B112,B77,B82,C65
Chr3:38065561 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A2
Chr3:38065571 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr3:38065574 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr3:38065627 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B13,B53,C27,C73
Chr3:38065664 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 23 A14,A16,A18,A23,A25,A5,B101,B123,B130,B136,B138,B15,B26,B32,B40,B46,B63,B73,B85,C16,C26,C37,C84
Chr3:38065671 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,A6,A8,B29
Chr3:38065673 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A8
Chr3:38065679 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 6 A24,B28,B46,B75,C83,D3
Chr3:38065751 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947464.1
ATGGAGGAGTTGGATGAGCTACGCAATGAGGCGTATGAAAGTGCAAGGATTTACAAGGACAAAGTGAAGCGGTTGCACGATCGTCGCATTTCTCACAAGAAGCACTGTCCCAGAATGAAGGTGCTATTGTTCAATTCTAGACTAAAGTTGTTTCCGGGCAAGCTGAAATCTAGATGGAGTGGTTCAATTTTACTAAAGGAGGTGTTTGAGCATGGTGCTATAGAGGTGTTTAATGAGAATACGAAGGAGAGTTTAAGAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018760
ATGGAGGAGTTGGATGAGCTACGCAATGAGGCGTATGAAAGTGCAAGGATTTACAAGGACAAAGTGAAGCGGTTGCACGATCGTCGCATTTCTCACAAGAAGCACTGTCCCAGAATGAAGGTGCTATTGTTCAATTCTAGACTAAAGTTGTTTCCGGGCAAGCTGAAATCTAGATGGAGTGGTTCAATTTTACTAAAGGAGGTGTTTGAGCATGGTGCTATAGAGGTGTTTAATGAGAATACGAAGGAGAGTTTAAGAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803447.1
MEELDELRNEAYESARIYKDKVKRLHDRRISHKKHCPRMKVLLFNSRLKLFPGKLKSRWSGSILLKEVFEHGAIEVFNENTKESLRVNGHRVKSYYEHQSPPMVVESQALHDPH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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