Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002409

染色体: Chr03 坐标: 38278834-38280876 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002409
名称SmilChr03G002409
描述uncharacterized SmilChr03G002409
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向38278834 - 38280876 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018767
GeneID131018767
locus_tag-
NCBI NameLOC131018767
原始查询LOC131018767

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
ArabidopsisAT2G06105 (AT2G06105)
aspartyl protease gag-polyprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717693]
identity=38.9; qcov=0.11; evalue=2.44e-09; confidence=weak
RiceOs12g0292200
-
identity=44.3; qcov=0.134; evalue=8.1e-17; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018767

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803454.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057803454.1
3 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.20000 XP_057803454.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803454.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803454.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:38278879 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,B48
Chr3:38278903 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B68,D9
Chr3:38278920 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74
Chr3:38278921 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C55
Chr3:38278950 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B49,C86,D2
Chr3:38278953 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C79,C9
Chr3:38278973 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B107,B131,B23,C62
Chr3:38278980 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B117,B58,B87,C37,C74
Chr3:38278981 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,C63
Chr3:38278993 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B31,B8,C16,C29,C86
Chr3:38279001 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B97,C45,D2
Chr3:38279008 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B31,B8,C29,C45,C5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947471.1
ATGGCTACTGCGGAAGAAGTCCGTGCTTTGAGAGAGCAGTTGCAGGCGTTGATGGATGCTCAGAAAAATGTTGATGAGCAGAAACAGCCGCCTATTGATGAGGCATTTACTCCACTGTACCAGTACCAAGAGCCGCCCAGAGTCAACGCAAATAATTTCGAGCTAAGGACTGGGCTGATTACCATGGTACAACAGAACCAATATGGAGGTAGTGCCATAGAGGATCCGAATGTGCATTTGAGACAGTTTCTGGAGTTATG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018767
ATGGCTACTGCGGAAGAAGTCCGTGCTTTGAGAGAGCAGTTGCAGGCGTTGATGGATGCTCAGAAAAATGTTGATGAGCAGAAACAGCCGCCTATTGATGAGGCATTTACTCCACTGTACCAGTACCAAGAGCCGCCCAGAGTCAACGCAAATAATTTCGAGCTAAGGACTGGGCTGATTACCATGGTACAACAGAACCAATATGGAGGTAGTGCCATAGAGGATCCGAATGTGCATTTGAGACAGTTTCTGGAGTTATG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803454.1
MATAEEVRALREQLQALMDAQKNVDEQKQPPIDEAFTPLYQYQEPPRVNANNFELRTGLITMVQQNQYGGSAIEDPNVHLRQFLELCSTIKMNGVADDIIRLRLFPFSLRDKAKSWYHTLQLGANPAWEELAHLFLQKFHPPGLTLKLKMDIIQFQQFEGESLAETWERYQEKLRKCPSHGFDEGTLVVMFYNACGERTRMFMDTAAGGSLLKKGSVEAMEIIESMAATSYQWPSERVQLKKVAVASSSDPLAMISTQLA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器