Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002420`

染色体: Chr03 坐标: 38433712-38434956 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002420`
名称	SmilChr03G002420
描述	uncharacterized SmilChr03G002420
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	38433712 - 38434956 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018768`
GeneID	`131018768`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018768`
原始查询	`LOC131018768`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018768

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	0.60000	`XP_057803456.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057803456.1`
3	Chloroplast	叶绿体	0.20000	`XP_057803456.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057803456.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803456.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:38433759`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B11
`Chr3:38433905`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B2,C20
`Chr3:38433913`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A22,C34,C63,C67
`Chr3:38433914`	`ATC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B2,C20
`Chr3:38433914`	`ATC`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B2,C20
`Chr3:38433934`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A22,C34,C63,C67
`Chr3:38433974`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	B113,B2,C20
`Chr3:38433974`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	3	B113,B2,C20
`Chr3:38434019`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B108,C23
`Chr3:38434153`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B113,B73
`Chr3:38434158`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B24,B47,C56
`Chr3:38434194`	`C`	`CCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	3	B114,B23,B88

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947473.1
ATGAAGAAGCTTGTCACTCCGAAGCTTGTCACTCCAAGTTTGAAATTGGTTCATCATGCTCAATATGTTGAGCAACTTCAACATATCAAAGTTCTCTATACGTCATCTCTCTCTAATAACAGTACTATAGTTCAGACATCTCTTGATCAGTGGAGTACTTCTCAGAAAAAACTCTATTCTTCCTATTTTGATTTTCACTTAGTCAACACGATTATTCCACTATTTGAAATGGTTTATGCTTTGTGTGGTTGTAAACTGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018768
ATGAAGAAGCTTGTCACTCCGAAGCTTGTCACTCCAAGTTTGAAATTGGTTCATCATGCTCAATATGTTGAGCAACTTCAACATATCAAAGTTCTCTATACGTCATCTCTCTCTAATAACAGTACTATAGTTCAGACATCTCTTGATCAGTGGAGTACTTCTCAGAAAAAACTCTATTCTTCCTATTTTGATTTTCACTTAGTCAACACGATTATTCCACTATTTGAAATGGTTTATGCTTTGTGTGGTTGTAAACTGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803456.1
MKKLVTPKLVTPSLKLVHHAQYVEQLQHIKVLYTSSLSNNSTIVQTSLDQWSTSQKKLYSSYFDFHLVNTIIPLFEMVYALCGCKLDEVFAILNDPSYVCRMLSREKYLLTVGSIGSVCAIGYVRAFLEKFEQLPKSYGKKTFDFCEQRGLKLFMEFTGLTKRFAAKGKTDNPKKDLGKGATADEGKDVGNSALEKDLGKGAAPDEGKDVGNSALEKYLGKGAAVDEGTDVGKSTV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器