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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002436

染色体: Chr03 坐标: 38684669-38685895 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002436
名称SmilChr03G002436
描述uncharacterized SmilChr03G002436
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向38684669 - 38685895 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018772
GeneID131018772
locus_tag-
NCBI NameLOC131018772
原始查询LOC131018772

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF03732 (PEG10_N-capsid)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018772

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057803460.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057803460.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057803460.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057803460.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803460.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:38684682 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B67,B86,B97,C46,C58
Chr3:38684697 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A25,B91
Chr3:38684709 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A9,B131,C39
Chr3:38684771 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A6,B62,B86,C51,C7
Chr3:38684775 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B30,B5,C58
Chr3:38684777 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 17 A25,A4,A7,B16,B36,B84,B91,B95,B99,C22,C34,C39,C49,C78,C86,D6,D7
Chr3:38684778 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 46 A10,A14,A15,A18,A22,A8,B111,B12,B120,B129,B133,B20,B24,B28,B30,B42,B43,B48,B52,B53,B55,B56,B62,B66,B71,B72,B87,B9,B90,B92,B96,B97,C27,C32,C38,C44,C51,C61,C63,C64,C66,C68,C80,D11,D2,D5
Chr3:38684780 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 3 B42,B66,C14
Chr3:38684780 A AG 1bp_insertion CDS_variant 3 B42,B66,C14
Chr3:38684782 ACG A 2bp_deletion frameshift_variant 1 C37
Chr3:38684782 ACG A 2bp_deletion CDS_variant 1 C37
Chr3:38684812 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A6,C51,C7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803460.1
408 aa
N
1
204
408
PEG10_N-capsid
C
PF03732 PEG10_N-capsid 139-204 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057803460.1 Pfam PF03732 PEG10_N-capsid Domain 139 204 3.9e-10 40.7 Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947477.1
ATGGAGAATACCAGGCTGAAAAACCAAGTGTCGCAACTAAAACACCAGCTCAAGGATCTGGAAGATTCACTGAGGGAGAAATCCCAGAGGGACGACAGAGGGCAAAGGTCAGAGAAATCAAACAGAGCAGAGAAGTCGTATCGGTCAGAGAGATCCCGCCGTTCAGAGAAATCACATTATACAGAGAAGTCAGAGGGACGGGAGCTGGAGTATTCCTCTGGCAGGCCAGGGCACAAGGGTCACAAGCGCCACCACGCTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018772
ATGGAGAATACCAGGCTGAAAAACCAAGTGTCGCAACTAAAACACCAGCTCAAGGATCTGGAAGATTCACTGAGGGAGAAATCCCAGAGGGACGACAGAGGGCAAAGGTCAGAGAAATCAAACAGAGCAGAGAAGTCGTATCGGTCAGAGAGATCCCGCCGTTCAGAGAAATCACATTATACAGAGAAGTCAGAGGGACGGGAGCTGGAGTATTCCTCTGGCAGGCCAGGGCACAAGGGTCACAAGCGCCACCACGCTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803460.1
MENTRLKNQVSQLKHQLKDLEDSLREKSQRDDRGQRSEKSNRAEKSYRSERSRRSEKSHYTEKSEGRELEYSSGRPGHKGHKRHHAHDSPKERREHGRYKENKRAKTSRFHPINNRSPFSDDILADTLPRSYKPISLDYDGTIDPEVHLNRFEGLVTLHMYTEGIKCRIFSTTLTGPAQLWFGMFAPNSIRSFEELQVRFLRQFASSRRVGKSALSLMDIKQDQNETLREYTTRFNLAALEVPEAESQIKNCAYVRGLKL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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