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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002445

染色体: Chr03 坐标: 38842091-38842719 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002445
名称SmilChr03G002445
描述uncharacterized SmilChr03G002445
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向38842091 - 38842719 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018779
GeneID131018779
locus_tag-
NCBI NameLOC131018779
原始查询LOC131018779

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018779

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057803467.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057803467.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057803467.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803467.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803467.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:38842235 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B32,C23,C55,D8
Chr3:38842244 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr3:38842245 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B4,B9
Chr3:38842288 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B59,B63,B83
Chr3:38842328 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 8 A18,B107,B130,B7,B93,C19,C78,C83
Chr3:38842461 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B95,C20,C32,C68
Chr3:38842461 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B95,C20,C32,C68
Chr3:38842469 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B95,C20,D11,D6
Chr3:38842479 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr3:38842495 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 121 A10,A11,A14,A16,A18,A2,A21,A23,A24,A25,A3,A4,A5,A7,A9,B1,B100,B102,B103,B107,B108,B11,B113,B114,B117,B118,B119,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B127,B13,B130,B131,B136,B138,B140,B15,B16,B17,B20,B21,B22,B24,B25,B26,B28,B32,B37,B40,B46,B47,B49,B54,B56,B58,B59,B6,B60,B63,B68,B69,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B80,B83,B84,B85,B86,B93,B96,B99,C11,C13,C14,C16,C18,C21,C24,C26,C28,C29,C33,C36,C38,C4,C40,C41,C44,C47,C48,C49,C52,C57,C58,C60,C62,C65,C69,C71,C72,C73,C74,C78,C8,C82,C87,C9,D1,D10,D11,D2,D3,D4
Chr3:38842503 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,B71,B95,C46,D6
Chr3:38842506 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A15,B71,B95,C46,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947484.1
TAGGTTGCGCATATCTTGCTAGTTTGCACTGAAAATTTTGACCCTAGTTTGCGCTGTTTTTGGAGTGCTAGGTTCCGCTCAACATCAATTTTGGAGTGCTAGTTTCCAGGTAGCGATTCAGATTTTCCATGGGTAGTTCGTCGCGCTCAACATCGAGATCACGCTCATATCCTGAAATGCAGAAAATATGTGGCCATGGCATCCCTGCTCTTTTTCAAACTTCACACACCGAGAAAAGCCCAGAGCATAGATTCTATGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018779
ATGGGTAGTTCGTCGCGCTCAACATCGAGATCACGCTCATATCCTGAAATGCAGAAAATATGTGGCCATGGCATCCCTGCTCTTTTTCAAACTTCACACACCGAGAAAAGCCCAGAGCATAGATTCTATGTTTGTCGTCATGAATATTCGGATGATTGTGGACTATGGCAATGGATTGATCCGGAGCTTACGTCGTATTACAAGCTCCGATTTAAGAAGTTGAAGCTTGAAAGGGACAATGCTGTGAAGCATCTACGAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803467.1
MGSSSRSTSRSRSYPEMQKICGHGIPALFQTSHTEKSPEHRFYVCRHEYSDDCGLWQWIDPELTSYYKLRFKKLKLERDNAVKHLRNRLLVDESNMMKFEDTDFKSLAKELDNELKKMAWRIKFICIAFGFFCICVFCVGMYV

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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