Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr03G002450`

染色体: Chr03 坐标: 38885048-38885557 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr03G002450`
名称	SmilChr03G002450
描述	uncharacterized SmilChr03G002450
染色体 / SeqID	Chr03 / NC_080389.1
坐标与链方向	38885048 - 38885557 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131018781`
GeneID	`131018781`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131018781`
原始查询	`LOC131018781`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF13966 (zf-RVT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131018781

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057803470.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057803470.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057803470.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057803470.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057803470.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr3:38885072`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A10,C78
`Chr3:38885086`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B72,B95,C68
`Chr3:38885113`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B72,B95,C68
`Chr3:38885149`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B32,C23,C55,D8
`Chr3:38885191`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr3:38885206`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr3:38885276`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A4,B113,B127,B138,B37
`Chr3:38885338`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr3:38885359`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B32,C23,C55,D8
`Chr3:38885384`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B77
`Chr3:38885390`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	C68
`Chr3:38885390`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C68

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057803470.1

169 aa

169

zf-RVT

PF13966 zf-RVT 81-167 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057803470.1`	Pfam	`PF13966`	zf-RVT	Domain	81	167	8.2e-15	56.0	zinc-binding in reverse transcriptase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057947487.1
ATGAAACCTCTTAAGTTCGTCTTTCCTAGATTGTTCCAGCTAAGTGCTAATAAGGATGTTTTTATCGGTGAATCGGGGAAGTGGGTTAATGGGAGCTGGGTGTGGGATTTGAAGTGGAGACGGGAGTTCTTTGATAGGGTGTCCGAGGCGGCTAATGAGTTATTGTCTATCATCTCTAACTTTGCTCCAAATGCAGGATGTGCTGATGGATGGACATGGATTGCATCTCCGGATGGCCAGTACTCTACGAAATCAGCGTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131018781
ATGAAACCTCTTAAGTTCGTCTTTCCTAGATTGTTCCAGCTAAGTGCTAATAAGGATGTTTTTATCGGTGAATCGGGGAAGTGGGTTAATGGGAGCTGGGTGTGGGATTTGAAGTGGAGACGGGAGTTCTTTGATAGGGTGTCCGAGGCGGCTAATGAGTTATTGTCTATCATCTCTAACTTTGCTCCAAATGCAGGATGTGCTGATGGATGGACATGGATTGCATCTCCGGATGGCCAGTACTCTACGAAATCAGCGTA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057803470.1
MKPLKFVFPRLFQLSANKDVFIGESGKWVNGSWVWDLKWRREFFDRVSEAANELLSIISNFAPNAGCADGWTWIASPDGQYSTKSAYIKATRNETTMSIINKETLARVWDTPAPQKAIVTTWRILRNRLSTCDNLRKRNVPLGEEELKCNACIHQKETTNHFFLLCPKI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器