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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002530

染色体: Chr03 坐标: 40367090-40367539 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002530
名称SmilChr03G002530
描述uncharacterized SmilChr03G002530
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向40367090 - 40367539 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018799
GeneID131018799
locus_tag-
NCBI NameLOC131018799
原始查询LOC131018799

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018799

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057803491.1
2 Nucleoplasm 核质 1.00000 XP_057803491.1
3 Chromosome 染色体 0.60000 XP_057803491.1
4 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057803491.1
5 Nucleolar fibrillar center Nucleolar fibrillar center 0.20000 XP_057803491.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:40367093 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 14 A22,B11,B129,B131,B2,B57,C35,C37,C41,C48,C64,C66,C83,D8
Chr3:40367121 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 157 A1,A10,A11,A13,A15,A18,A19,A2,A23,A3,A4,A7,A8,A9,B1,B10,B101,B102,B103,B104,B107,B108,B111,B113,B115,B117,B118,B121,B123,B124,B125,B127,B128,B130,B132,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B140,B16,B18,B19,B20,B21,B22,B23,B24,B26,B27,B29,B3,B30,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B4,B40,B41,B44,B46,B48,B5,B50,B51,B52,B53,B54,B56,B59,B61,B62,B64,B68,B69,B7,B70,B71,B72,B74,B75,B78,B79,B8,B80,B81,B82,B84,B85,B86,B88,B9,B93,B95,B96,B98,C1,C12,C14,C15,C17,C18,C19,C2,C20,C23,C27,C28,C3,C30,C31,C35,C36,C37,C38,C39,C42,C43,C44,C45,C49,C5,C50,C51,C54,C55,C57,C58,C59,C6,C61,C62,C65,C66,C7,C71,C74,C75,C77,C79,C80,C81,C82,C84,C85,C86,C87,D1,D10,D11,D5,D6
Chr3:40367122 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 1 D9
Chr3:40367122 C CT 1bp_insertion CDS_variant 1 D9
Chr3:40367144 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B129,B2,B60
Chr3:40367167 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B135,B98,C14
Chr3:40367180 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr3:40367188 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B95,B98
Chr3:40367190 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C4
Chr3:40367195 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B48,C60,C73
Chr3:40367199 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B135,B18,B2,B42,C14
Chr3:40367201 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B94,B95,B98

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947508.1
ATGGTAAGCACCAGGCCAAAGTTCCCCAAGAAAATTCCCCCGGGCACCACCATTGACATCACCACAACCCCCTCACCACCAAAAACTAGAGAAAAAGGCAAAGGCAAGGTGGCAGCCTCTTTCTCCACCAAAACCCCAACCGAACCTGCCCCAAAATCACCCTCACCGGCGAAGCCAGAGGAAGTCGAGGCCACCATCACAAAGGCTACCGAGGAAACTCCCACCGAAGAACAGTCGAAGACGGAGCCAGCCAAGAAGCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018799
ATGGTAAGCACCAGGCCAAAGTTCCCCAAGAAAATTCCCCCGGGCACCACCATTGACATCACCACAACCCCCTCACCACCAAAAACTAGAGAAAAAGGCAAAGGCAAGGTGGCAGCCTCTTTCTCCACCAAAACCCCAACCGAACCTGCCCCAAAATCACCCTCACCGGCGAAGCCAGAGGAAGTCGAGGCCACCATCACAAAGGCTACCGAGGAAACTCCCACCGAAGAACAGTCGAAGACGGAGCCAGCCAAGAAGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803491.1
MVSTRPKFPKKIPPGTTIDITTTPSPPKTREKGKGKVAASFSTKTPTEPAPKSPSPAKPEEVEATITKATEETPTEEQSKTEPAKKRGKRIKVAAKKEKKPALPESESESSSTRKSPDKAATPPVPMEEEVAEVKETEKEGGRSGGGEG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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