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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr03G002701

染色体: Chr03 坐标: 42973220-42973996 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr03G002701
名称SmilChr03G002701
描述uncharacterized SmilChr03G002701
染色体 / SeqIDChr03 / NC_080389.1
坐标与链方向42973220 - 42973996 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131018836
GeneID131018836
locus_tag-
NCBI NameLOC131018836
原始查询LOC131018836

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os09g0545250; species=rice; confidence=medium
产物hit=Os09g0545250; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisAT3G24255 (AT3G24255)
RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822013]
identity=31; qcov=0.826; evalue=3.13e-22; confidence=low
RiceOs09g0545250
-
identity=37.8; qcov=0.554; evalue=2.1e-29; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131018836

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057803522.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057803522.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057803522.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057803522.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057803522.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr3:42973237 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B118,B13,B8,D11
Chr3:42973259 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B118,B13,B8,D11
Chr3:42973296 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B38,B39,B91,D7
Chr3:42973307 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A24,B28,B46,D3
Chr3:42973338 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr3:42973339 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 9 B108,B114,B19,B3,B47,B53,B74,C41,C76
Chr3:42973352 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 61 A16,A23,A25,B100,B112,B119,B121,B124,B125,B129,B130,B131,B136,B15,B17,B18,B25,B26,B27,B30,B4,B48,B51,B59,B6,B60,B63,B70,B71,B72,B73,B84,B95,C10,C15,C18,C22,C23,C24,C25,C27,C29,C39,C40,C43,C45,C47,C52,C54,C56,C64,C66,C67,C70,C72,C81,C84,D11,D2,D4,D8
Chr3:42973358 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B77,B94,B99,C26
Chr3:42973424 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C44
Chr3:42973426 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,C19
Chr3:42973430 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,B13,B8
Chr3:42973498 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,B13,B8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057947539.1
ATGAATATTCGTAGGAGGATGTTTACTGGAGTGCGTGTGGCTAAGCATAGTCCGATGGTGTCTCACCTATTCTTTGCGGATGATAGCCTCCTGTTTTTCAATGCCAAGGCCATTGGAGCTCAAGCTATCCGTCAAGCTCTGGACCTCTATTCTGCCGCATTTGGTCAACTTGTGAACTTTGAGAAATCTGCGGTCTCCTTTAGCCCGTGTGTGTCTCGGCAGGATATGGATAAAGTGGTTTCTATTTTGGGTGTTAAAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131018836
ATGAATATTCGTAGGAGGATGTTTACTGGAGTGCGTGTGGCTAAGCATAGTCCGATGGTGTCTCACCTATTCTTTGCGGATGATAGCCTCCTGTTTTTCAATGCCAAGGCCATTGGAGCTCAAGCTATCCGTCAAGCTCTGGACCTCTATTCTGCCGCATTTGGTCAACTTGTGAACTTTGAGAAATCTGCGGTCTCCTTTAGCCCGTGTGTGTCTCGGCAGGATATGGATAAAGTGGTTTCTATTTTGGGTGTTAAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057803522.1
MNIRRRMFTGVRVAKHSPMVSHLFFADDSLLFFNAKAIGAQAIRQALDLYSAAFGQLVNFEKSAVSFSPCVSRQDMDKVVSILGVKETNGQAVYLGLPTFVVRHKMIQFDYLRERVYKKLNSWKNRYFSVEGKEVLIKSIIQATPTCTMSYFKIPSAVCHDIEMACANFWRGESDIGKCLYWVSWKALCEQKSKGGMGFRRMEAFNRALLAKQVWRLVKFPSSLVARVLKGSTTKMMIFSLLESSLMPPISGPRSVGG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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